Snakemake特殊符号通配符

Question

我具有如下的Snakamake规则，其中我的通配符包含特殊字符，因此我使用sub对其进行转义，请参见答案here。输出文件：data/extract_AAV(1).csv。

import re
rule get_data:
    input:
    output: "data/extract_{re.sub(r'([()])', r'\\\1', filename)}.csv"
    shell: "python get_data.py --filename {re.sub(r'([()])', r'\\\1', wildcards.filename)}"

但是，出现如下错误：

模块're'没有属性'sub（r'（'

运行re模块在Python中工作正常：

filename = 'extract_AAV(1).csv'
print(re.sub(r'([()])', r'\\\1', filename)
# returns: extract_AAV\\(1\\).csv

Answer 1

要么我无法重现问题，要么您使事情变得比必要的复杂。这对我有用：

samples = ['AAV(1)', 'AAV(2)']

rule all:
    input:
        expand('data/extract_{sample}.csv', sample= samples),

wildcard_constraints:
    sample= '|'.join([re.escape(x) for x in samples]),

rule one:
    output:
        'data/extract_{sample}.csv'
    shell:
        r"""
        touch '{output}'
        """

（（wildcard_constraints位在这里不是必需的，但我倾向于相当自由地使用它）。

如果这没有帮助，您可以发表可复制的示例吗？