如何在运行指令中访问通配符

Question

我正在为规则使用run指令，并且想访问名为ref的通配符。我该怎么办？

Answer 1

我相信只是：wildcards.ref

Answer 2

具有以下规则的Snakefile证明@ maarten-vd-sande提供的答案是正确的：

rule a:
        output: "{prefix}/{ref}/file.out"
        run:
                with open(output[0], "w") as out:
                        out.write(wildcards.ref)

这样称呼：

snakemake prefix/reference/file.out

结果将显示以下文本：

reference