如何根据带有Bash的数字列表删除文件中的一系列位置

Question

我在Bash脚本中还很陌生，我有一个要解决的问题。我有一个看起来像这样的文件：

>atac
ATTGGCAATTAAATTCTTTT
>lipa
ATTACCAAGTAAATTCTTTT
.
.
.

其中每个偶数行具有相同的长度，但是可以具有不同的字符，我需要在每个偶数行中删除.txt文件中列出的一系列位置。 .txt文件只有一个数字列表，每行一个，与要删除的位置相对应，如下所示：

3
5
8
10
11

预期输出的每一偶数行必须保持相同的长度，但是在每行中，必须删除.txt文件中列出的位置。有什么建议吗？

Answer 1

如果txt文件中的“位置”始终表示原始字符串的索引，则该awk-oneliner会为您提供帮助：

awk 'NR==FNR{a[$0];next}FNR%2==0{for(x in a)$x=""}7' your.txt  FS="" OFS="" file
>atac
ATGCATAATTCTTTT
>lipa
ATACAGAATTCTTTT

我们标记（作为“ -”）已删除的字符，以便您可以验证结果是否正确：

 awk 'NR==FNR{a[$0];next}FNR%2==0{for(x in a)$x="-"}7' txt  FS="" OFS="" file
>atac
AT-G-CA-T--AATTCTTTT
>lipa
AT-A-CA-G--AATTCTTTT