ggplot 中使用多个变量的热图（格式化为单独的列）

Question

我正在寻找从 ggplot 中的一些蛋白质特征数据制作热图，但无法弄清楚如何处理数据框，以便我可以正确地可视化。以下是数据格式的示例：

CellLine, Protein1, Protein2, Protein3, Protein 4
Cancer1, 0.22, 1.15, 0.68, 0.44
Cancer2, 0.95, 1.54, 0.55, 0.02
Cancer3, 1.20, 0.85, 0.99, 0.89

理想情况下，我想在 y 轴上显示细胞系，在 x 轴上显示蛋白质，并在色标中填充相应的表达值。如果您有任何建议，请告诉我，我们将不胜感激！

Ctrls 矩阵化 <- DF from above

CtrlsMatrixed <- ControlsDF %>% pivot_longer(cols = 3:45, cols_vary = "fastest", names_to =   "GeneSignature")

代码返回时，pivot_longer() 出现错误 --> 无法组合

CellLine

和 Protein1

Answer 1

你可以在 ggplot 中使用

geom_tile

轻松完成此操作

library(tidyverse)

ControlsDF %>%
  pivot_longer(-CellLine, names_to = 'Protein', values_to = 'Expression') %>%
  ggplot(aes(Protein, CellLine, fill = Expression)) +
  geom_tile(color = 'black') +
  scale_fill_viridis_c() +
  coord_equal(expand = FALSE)

^{创建于 2023-09-12，使用 reprex v2.0.2}

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问题中的数据采用可重现的格式

ControlsDF <-  structure(list(CellLine = c("Cancer1", "Cancer2", "Cancer3"), 
               Protein1 = c(0.22, 0.95, 1.2), Protein2 = c(1.15, 1.54, 0.85
               ), Protein3 = c(0.68, 0.55, 0.99), Protein4 = c(0.44, 0.02, 
                0.89)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -3L))