snakemake 7.32.4 中的堆栈 process_radtags

Question

我一直在尝试将我的SLURM脚本转换为snakemake，我对此不太熟悉。我有来自 5 个池的双端读取。每组 fastqz 都按池位于其自己的目录中。这是我当前的代码。我继续收到缺少输出文件的错误，但无法弄清楚原因。

RUNPOOLS, POOLS = glob_wildcards('/mnt/lz01/mel/cld1061/AScott_Data/raw_data/{runpool}/{pool}_R1_001.fastq.gz')

rule all:
    input:
        expand('02demulti_output/{runpool}/{runpool}.1.fq.gz', runpool=RUNPOOLS),
        expand('02demulti_output/{runpool}/{runpool}.2.fq.gz', runpool=RUNPOOLS),
        expand('10-logs/process_radtags/{runpool}.log', runpool=RUNPOOLS)

### demultiplexing
rule demultiplex:
    input:
        fastq_r1=expand('/mnt/lz01/mel/cld1061/AScott_Data/raw_data/{runpool}/{pool}_R1_001.fastq.gz', runpool=RUNPOOLS, pool=POOLS),
        fastq_r2=expand('/mnt/lz01/mel/cld1061/AScott_Data/raw_data/{runpool}/{pool}_R2_001.fastq.gz', runpool=RUNPOOLS, pool=POOLS)
    output:
        directory('02demulti_output/{runpool}'),
    '02demulti_output/{runpool}/{runpool}.1.fq.gz',
    '02demulti_output/{runpool}/{runpool}.2.fq.gz',
        '10-logs/process_radtags/{runpool}.log'
    log:
        '10-logs/process_radtags/{runpool}.log'
    shell:
        '''mkdir -p {output[0]};
    module load anaconda/colsa
    conda activate stacks-2.5
        process_radtags -P -i gzfastq -1 {input.fastq_r1} -2 {input.fastq_r2} -o {output[0]} -b ../01-info_files/barcodes.txt -r -D --index_null --disable_rad_check --retain_header --barcode_dist_1 1 2> {log}'''

非常感谢任何帮助。谢谢！

Answer 1

几条评论：

• 对于输出，您不应列出日志（在所有规则或单个规则中）。这些是作为副作用产生的，而不是直接目标
• 如果您之前无法列出实际文件（例如在不知道输出的分散操作中），则只需使用

  directory

  输出。 Snakemake 将为您创建输出的父目录。
• 我认为你的错误是因为

  expand

  使用了通配符的所有组合，在这里你可能需要传递它

  zip

  。这是一个常见问题，您可以在文档中找到。

我还将发布有关将 slurm 脚本转换为 Snakemake 管道的研讨会材料，希望它有所帮助！ https://github.com/troycomi/snakemake-training