为什么 Snakemake 在我的子模块路径中引入空格？

Question

我有一个包含使用

conda

和

singularity

的模块的工作流程。

问题

当我尝试使用

snakemake -c 8 --use-conda --use-singularity

（Snakemake 7.32.4）运行工作流程时，出现以下错误：

WorkflowError in file /home/user/src/project/workflow/Snakefile, line 33:
Failed to open source file /home/user/src/project/workflow/  workflows/ extract /  Snakefile
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/user/src/project/workflow/  workflows/ extract /  Snakefile '
  File "/home/user/src/project/workflow/Snakefile", line 33, in <module>

问题

为什么我会收到此错误，何时

1. extract

   模块的f字符串是正确的，并且
2. 该文件

   ../workflow/workflows/extract/Snakefile

   确实存在吗？

设置

我在 WSL2 内的 Ubuntu 22.04.3 LTS 上的 Miniforge3 conda env 中运行整个事件。

name: project
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
dependencies:
  - snakemake=7.32.4
  - singularityce

Snakefile

中的

../workflow/

包括以下相关片段：

MODULES_ROOT = "workflows/"

EXTRACT = "extract"
MODULE_EXTRACT = f"{MODULES_ROOT}{EXTRACT}/"
module extract:
    snakefile:
        f"{MODULE_EXTRACT}Snakefile"
    config: config[EXTRACT]

use rule * from extract as extract_*

我尝试过（无济于事）

• ls

  d 和

  cat

  d Snakefiles 并检查拼写的正确性
• 重写了f弦
• 将 Snakemake 从旧版本更新为上述版本
• 删除并重新创建 conda 环境

Answer 1

我认为这与fstring有关！ 一旦我删除了所有的 f 字符串，它就可以工作了。

These are the environments I am using
(base) [hsher@tscc-11-15 oligoCLIP]$ python --version
Python 3.12.0
(base) [hsher@tscc-11-15 oligoCLIP]$ snakemake --version
7.32.4