安装BayesLogit包

Question

我正在尝试在R中安装BayesLogit包。该包已从CRAN网站中删除，但我有源文件BayesLogit_0.6.tar.gz。我试着跑步

install.packages("BayesLogit_0.6.tar.gz", type = "source", repos = NULL)

但是得到以下错误：包'BayesLogit_0.6.tar.gz'的安装具有非零退出状态。

任何人都可以帮忙，或者你可以不再安装这个包吗？我将软件包安装在另一台机器上，我在CRAN网站上安装了它。

Answer 1

我能够使用devtools::install_version("BayesLogit", "0.6")在我的Ubuntu机器上安装软件包

因为包有C ++源文件，所以你需要编译工具。如果您使用Windows，则意味着您需要安装RTools。在Mac上，你需要Xcode command line tools。另见How do I install a package that has been archived from CRAN?和https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

Answer 2

Linux

在R会话中运行以下命令：

install.packages("devtools")  # optional, in case you don't have it
require(devtools)
install_version("BayesLogit", version = "0.6")  # the latest version on CRAN archive

macOS

从源代码编译BayesLogit需要GFortran，它需要XCode和命令行工具：

• 从App Store安装XCode，或仅安装命令行工具（例如，从this thread）
• 安装gfortran，例如使用an appropriate disk image
• 在R中运行与上面相同的代码：

install.packages("devtools")  # optional, in case you don't have it
require(devtools)
install_version("BayesLogit", version = "0.6")  # the latest version on CRAN archive

Alternative package

GitHub page of BayesLogit最近更新于11个月前，所以我冒昧地猜测它不会出现在CRAN上。另一种选择是this package，它实现了与BayesLogit相同的Polya-Gamma方案，并且具有非常相似的语法：

# BayesLogit
obj <- BayesLogit::logit(y=y, X=X, P0=diag(rep(precision, ncol(X)), samp=n_samples, burn=burn)
# PolyaGamma
obj <- PolyaGamma::gibbs_sampler(y=y, X=X, lambda=precision, n_iter_total=burn + n_samples, burn_in=burn)

要安装PolyaGamma软件包，请在R会话中运行以下命令：

install.packages("devtools")  # optional, in case you don't have it
require(devtools)
devtools::install_github("kasparmartens/PolyaGamma")
library(PolyaGamma)