带有文件扩展名的ValueError

Question

我从 GSE (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE92332) 下载了一个原始数据集，其中包含单细胞分析数据。共有三种不同的文件格式 matrix.mtx.gz、barcodes.tsv.gz 和 genes.tsv.tz

我现在尝试运行此代码以加载数据：

#加载数据

data_file = "/Users/---/desktop/single-cell-tutorial/latest_notebook/GSE92332_RAW"
adata = sc.read(data_file, cache=True)
adata = adata.transpose()
adata.X = adata.X.toarray()

但是我总是得到下面的值错误

ValueError：使用 filekey 读取 '/Users/---/desktop/single-cell-tutorial/latest_notebook/GSE92332_RAW/MTX/mtx.gv' 失败，推断的文件名 PosixPath('/Users/---/desktop/single-cell-tutorial/latest_notebook/GSE92332_RAW/MTX/mtx.gv.h5ad') 不存在。如果您打算提供文件名，请使用 以可用扩展名之一结尾的文件名 {'csv', 'data', 'tab', 'h5ad', 'anndata', 'h5', 'tsv', 'xlsx', 'loom', 'txt', 'mtx.gz', 'soft.gz', 'mtx'} 或传递参数

ext

.

我知道我需要添加一个扩展，但无论我添加哪个扩展，我仍然会遇到同样的错误。

我尝试了所有不同的扩展名，它们也是文件类型（mtx.gz 等），创建了一个仅包含 MTX 数据的自己的文件夹并尝试调用它，但没有任何效果。