从snakefile中的命令行获取实际的--cores [N]， - job [N]，-j [N]值

Question

如何在snakefile中访问命令行传递给snakemake的所有配置值和相应参数？

例如，通过运行：

snakemake -p --use-conda -j 16 --snakefile ../../Snakefile --configfile pipeline-test.config.yaml

特别是我希望获得snakefile中可用内核的数量，以便能够使用该值执行一些计算。

Answer 1

您可以在snakefile中使用sys.argv来解析命令行参数。