具有docker-compose和RStudio / Jupyter的永久卷

Question

我正在尝试使用docker-compose创建映像来创建RStudio实例和Jupyter Notebook实例。我可以创建这些实例，但是装入的卷似乎不是“永久的”。

下面是我的文件夹的树形结构：

.
├── Docker
│   ├── docker-compose.yml
│   └── Dockerfile
└── R_and_Jupyter_scripts
    └── files_already_there.txt

我想要：

1] files_already_there.txt可在我的RStudio和Jupyter Notebook实例中使用。

2）从两个实例之一创建的任何新文件/脚本都将显示在具有读取/写入权限的R_and_Jupyter_scripts文件夹中。 i.e：我从RStudio实例创建了一个文本文件“ output.txt”，但是当我检查路径时，文件的保存位置在这里：

sudo find / -name "output.txt"
/var/lib/docker/overlay2/821d3d087948309e3c489af29a5263e53e5f72627e903b4285a9597214412840/diff/home/maxence/output.txt
/var/lib/docker/overlay2/821d3d087948309e3c489af29a5263e53e5f72627e903b4285a9597214412840/merged/home/maxence/output.txt

下面是我当前的docker-compose.yml，您能确定出什么问题了吗？

version: "3.5"
services:
  rstudio:
    environment:
      - USER=maxence
      - PASSWORD=password
    image: "rocker/tidyverse:latest"
    build:
     context: ./
     dockerfile: Dockerfile
    volumes:
      - /home/ec2-user/R_and_Jupyter_scripts:/var/lib/docker/
    container_name: rstudio
    ports:
     - 8787:8787

  jupyter:
    image: 'jupyter/datascience-notebook:latest'
    ports:
     - 8888:8888
    volumes:
      - /home/ec2-user/R_and_Jupyter_scripts:/var/lib/docker/
    container_name: jupyter

非常感谢。

Answer 1

我没有您的Dockerfile，看起来您正在运行一个Amazon实例，因此我无法确定是否复制此文件，但是如果我删除Dockerfile部分并进行其他一些编辑，则可以对自己的作品进行修改Ubuntu 18机器。

version: "3.5"
services:
  rstudio:
    environment:
      - USER=maxence
      - PASSWORD=password
    image: "rocker/tidyverse:latest"
    volumes:
      - /tmp/R_and_Jupyter_scripts:/home/maxence/R_and_Jupyter_scripts
    container_name: rstudio
    ports:
      - 8787:8787

  jupyter:
    image: 'jupyter/datascience-notebook:latest'
    ports:
      - 8888:8888
    volumes:
      - /tmp/R_and_Jupyter_scripts:/home/joyvan/R_and_Jupyter_scripts
    working_dir: /home/joyvan/R_and_Jupyter_scripts
    container_name: jupyter

我使用/tmp/R_and_Jupyter_scripts作为容器外部的位置。

在Rstudio中，创建了/home/maxence，因为它对应于指定的USER，这将是您登录时显示的位置。然后我在volume指令中在此目录下面创建了一个目录，是文件在容器外部的位置。登录Rstudio时，您会看到一个名为R_and_Jupyter_scripts的文件夹，您可以输入该文件夹并创建所需的内容（我以为working_dir可以工作，但始终似乎总是在主文件夹中启动）

在您使用的Jupyter图像中，默认用户为joyvan，因此将自动创建文件夹/home/joyvan。然后，在volume和working_dir指令中使用它。登录时，Jupyter容器将使用此working_dir。

我测试了它，并在所有3个地方读写了作品。

使用/var/lib/docker将在每个容器中正确创建一个卷，问题是任何一个客户端都无法将其位置设置为它。