如何使用rpy2在python中运行R脚本

Question

我的问题似乎很基本，但即使在rpy2文档上我也找不到答案。我有* .R脚本接受一个参数为“file.txt”（我需要传递参数而不是命令行）。我想在python脚本中调用R脚本。我的问题是：如何传递和恢复R脚本的参数？我的解决方案是：假设R脚本是从这一行开始的：

df <- read.table(args[1], header=FALSE)
"
 here args[1] should be the file which is not passed from the command line
"
....

现在我在我的python脚本中编写一个函数：

from rpy2 import robjects as ro
def run_R(file):
    r = ro.r
    r.source("myR_script.R")
   # how to pass the file argument to
   # the R script and how to
   # recuperate this argument in the R code?

Answer 1

我的问题似乎很基本，但即使在rpy2文档上我也找不到答案。

这可能是一个很好的起点：

https://rpy2.github.io/doc/v3.0.x/html/robjects_rpackages.html#importing-arbitrary-r-code-as-a-package

(...)

df <- read.table(args[1], header=FALSE)
"
 here args[1] should be the file which is not passed from the command line
"

当你到达那里时，命令行的参数很久就传递给了R（因为R已经初始化并且在那时已经运行）。文档中的上述链接将是一种相对优雅的解决方法。否则你总是可以在R中创建一个矢量args：

rpy2.robjects.globalenv['args'] = robjects.vectors.StrVector(['my_file.csv'])
r.source("myR_script.R")

Answer 2

为什么只使用rpy2来运行R脚本？考虑避免使用这个接口，而是使用自动化的Rscript.exe命令行，Python可以使用内置的subprocess调用，就像任何外部可执行文件一样，即使在传递所需的参数时也是如此。

下面假设您在PATH环境变量中有R bin文件夹来识别Rscript。如果没有，请在cmd的第一个arg中添加此可执行文件的完整路径。另外，请务必将文件的完整路径传递给run_R方法：

from subprocess import Popen, PIPE

def run_R(file):
  # COMMAND WITH ARGUMENTS
  cmd = ["Rscript", "myR_script.R", file]

  p = Popen(cmd, cwd="/path/to/folder/of/my_script.R/"      
            stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)     
  output, error = p.communicate()

  # PRINT R CONSOLE OUTPUT (ERROR OR NOT)
  if p.returncode == 0:            
      print('R OUTPUT:\n {0}'.format(output))            
  else:                
      print('R ERROR:\n {0}'.format(error))