snakemake 是否锁定输出目录

Question

Snakemake 按照文档中的说明锁定输出文件，但是输出目录呢？

我的目录中有多个文件，可能由多个进程同时读取和写入。我想确保一次只有一个进程可以访问该目录中的文件。但是，确切的文件集是动态确定的，并且对于每个生成的进程可能会有所不同。因此，我不能简单地将这些关键文件指定为规则 s.t 中的输出文件。它们被snakemake锁定了。

将

directory(my_dir)

添加到规则的输出中是否足够？ Snakemake 是否递归锁定输出文件夹的任何子目录中的所有文件？

Answer 1

根据snakemake文档here，听起来输出文件将在snakemake接触它们时被锁定。通过在输出中包含要锁定的目录，理论上应该可以确保两个规则不能同时触及它们。

其中一个主要，需要注意的是，正如文档here所述，snakemake 在运行作业之前删除所有输出（包括列为输出的目录），这可能会出现问题，具体取决于您的工作流程。