R：没有使用gsub（）函数替换任何内容

Question

您好我已尝试使用以下代码替换数据框中的列值。

sampleNumber <- c(1:length(sampleId))
for (value in sampleNumber){
  genotypeCol <- paste("annotateData$", sampleId[value], sep = "") #sampleId is a vector contains column names in annotateData
  genotypeCol <- gsub("0\\/0", "ref", genotypeCol)
  genotypeCol <- gsub("0\\/1|0\\/2|0\\/3|1\\/2|1\\/3|2\\/3", "het", genotypeCol)
  genotypeCol <- gsub("1\\/1|2\\/2|3\\/3", "hom", genotypeCol)
}

无论如何，内容仍然相同，但如果我使用以下代码，它可以正常工作。

annotateData$Genotype_SM01 <- gsub("0\\/0", "ref", annotateData$Genotype_SM01)
annotateData$Genotype_SM01 <- gsub("0\\/0", "ref", annotateData$Genotype_SM01)
annotateData$Genotype_SM01 <- gsub("0\\/0", "ref", annotateData$Genotype_SM01)

所以对于这个问题的任何想法。

Answer 1

您正在使用包含变量名称的字符串来输入gsub()。要获取实际变量，请使用get(paste("annotateData$", sampleId[value], sep = "")) 编辑

aux=get("annotateData")
var=aux[,sampleID[value]]

在这种情况下，var持有annotateData$Genotype_SM01的值

编辑2 重新处理您的问题，以下代码应该做你想要的。

annotateData=data.frame("Genotype_SM01"=c("a","a","b"),
                    "Genotype_SM02"=c("a","a","a"),
                    "Genotype_SM02"=c("b","b","a"),
                    stringsAsFactors = FALSE)
sampleId=names(annotateData)

sampleNumber <- c(1:length(sampleId))

for (value in sampleNumber){
  aux=annotateData[,sampleID[value]]
  aux <- gsub("0\\/0", "ref", aux)
  aux <- gsub("0\\/1|0\\/2|0\\/3|1\\/2|1\\/3|2\\/3", "het", aux)
  aux <- gsub("1\\/1|2\\/2|3\\/3", "hom", aux)
  annotateData[,sampleID[value]]=aux
}