当变量的顺序改变时因果关系图改变

Question

我正在使用bnlearn和pcalg R软件包从数据集中获取因果关系图。存在一种与顺序无关的算法，其声称独立于变量被给出作为输入。当我改变顺序变量时，箭头的方向正在改变。以下是我使用的代码：

data("gmG")
set.seed(101)
cols = sample(ncol(gmG8$x))
suffStat <- list(C = cor(gmG8$x[,cols]), n = nrow(gmG8$x))
pc.gmG <- pc(suffStat, indepTest = gaussCItest,
               labels = colnames(gmG8$x)[cols], alpha = 0.01)
plot(pc.gmG)

上面的代码给出了以下输出：

现在我使用不同的数据顺序运行相同的代码。

data("gmG")
set.seed(102)
cols = sample(ncol(gmG8$x))
suffStat <- list(C = cor(gmG8$x[,cols]), n = nrow(gmG8$x))
pc.gmG <- pc(suffStat, indepTest = gaussCItest,
               labels = colnames(gmG8$x)[cols], alpha = 0.01)
plot(pc.gmG)

正如人们可以看到箭头改变了v6和v7的方向。我在这里错过了什么吗？注意：我知道骨架没有变化（没有箭头的图形）。

Answer 1

我找到了答案。通过使用conservative将maj.rule或TRUE设置为solve.confl = TRUE，可以使因果关系图完全与顺序无关。

pc.gmG <- pc(suffStat, indepTest = gaussCItest,skel.method = 'stable',
                  conservative = TRUE,solve.confl = TRUE,
               labels = colnames(gmG8$x)[cols], alpha = 0.01)