HDF5 通过 Conda 安装，但是找不到 `hdf5` 位置

Question

我正在尝试安装最新版本的 HDF5 1.12.1（通过

conda

）和 h5py 3.6.0（通过

pip3

）。

两个包都通过最新版本的 Conda 安装成功，但我的环境不包含 HDF5.

h5py

# This was succesfully installed and found in the correct directory
pip3 show h5py

    Name: h5py\
    Version: 3.6.0 \
    Summary: Read and write HDF5 files from Python\
    Home-page: http://www.h5py.org \
    Author: Andrew Collette\
    Author-email: [email protected] \
    License: BSD\
    Location: /home/goldpm1/miniconda3/envs/cnvpytor/lib/python3.7/site-packages\
    Requires: cached-property, numpy\
    Required-by: CNVpytor, selene-sdk, signatureanalyzer

HDF5

# conda list shows that hdf5 newest version is insatalled, but I can't find at all at the conda environment
conda list hdf5
     
Name             Version                   Build        Channel
hdf5              1.12.1      nompi_h4df4325_104    conda-forge

# I can't find actual hdf5 location in /home/goldpm1/miniconda3/envs/cnvpytor
which hdf5

    /usr/bin/which: no hdf5 in (............)

我的康达发生了什么事？我该如何解决我的问题？

Answer 1

我建议使用

hyp5

的 Conda 版本，因为管理完整的依赖项堆栈正是创建 Conda 来解决的问题。也就是说，Conda 将保证安装正确的依赖项：

conda install h5py

此外，我不确定为什么需要

hdf5

二进制文件。

hdf5

包提供了一堆

bin/h5*

二进制文件，但没有

hdf5

。此外，Python 包使用

include/*.h

标头，然后调用

lib/libhdf5.{so,dylib,dll}

，而不是

hdf5

二进制文件。

我可能还应该提到，至少对于最新版本，

h5py

在 PyPI 上通过轮子捆绑 HDF5，即使用静态构建。相比之下，Conda 包大多使用动态链接，因此包可以共享依赖项的单个副本。此外，Conda 使用硬链接，因此依赖项甚至可以是单个副本跨环境.