在Ubuntu Conda环境下无法编译R包：x86_64-conda-linux-gnu-c++: not found

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我在 Ubuntu 20.04 LTS 操作系统上运行 Miniconda3，并在 conda 环境中安装了 R-4.0.3。当我尝试通过 R 提示符从 CRAN 存储库安装软件包时，我得到一个

x86_64-conda-linux-gnu-c++: not found

我已经按照内置 gcc 工具链的 Anaconda 文档中的建议运行了 

source activate qwe
（
qwe
是环境的名称）。我还运行了 
source activate root
并使用 
conda install gxx_linux-64

安装了编译器工具链

我的

$PATH
返回以下内容：

/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/bin:/home/sreedta/miniconda3/condabin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin

这是我尝试安装名为 bayesm

的软件包时的完整输出 
> install.packages("bayesm")
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/bayesm_3.1-4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2269364 bytes (2.2 MB)
==================================================
downloaded 2.2 MB

* installing *source* package ‘bayesm’ ...
** package ‘bayesm’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
x86_64-conda-linux-gnu-c++ -std=gnu++11 -I"/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/include" -DNDEBUG -I../inst/include/ -I'/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/library/Rcpp/include' -I'/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/library/RcppArmadillo/include' -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -O2 -isystem /home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/include -I/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/include -Wl,-rpath-link,/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/lib   -fpic  -fvisibility-inlines-hidden  -fmessage-length=0 -march=nocona -mtune=haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-sections -pipe -isystem /home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/include -fdebug-prefix-map=/home/conda/feedstock_root/build_artifacts/r-base_1603047469992/work=/usr/local/src/conda/r-base-4.0.3 -fdebug-prefix-map=/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe=/usr/local/src/conda-prefix  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
/bin/sh: 1: x86_64-conda-linux-gnu-c++: not found
make: *** [/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/etc/Makeconf:180: RcppExports.o] Error 127
ERROR: compilation failed for package ‘bayesm’
* removing ‘/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/library/bayesm’
* restoring previous ‘/home/sreedta/miniconda3/envs/qwe/lib/R/library/bayesm’

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/Rtmp6hsphd/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning message:
In install.packages("bayesm") :
  installation of package ‘bayesm’ had non-zero exit status
c++ r linux anaconda
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感谢@merv，我了解了使用 conda 构建环境的不同方法，并成功实现了我的目标。他发布了一个链接，指向他关于使用具有特定编译器和依赖项的 

environment.yaml
文件进行构建的答案之一。我还学到了一些有价值的东西：“最好将源库的频道保持在最低限度。在之前的安装中，我结合了默认值、
r
、
pypi
和
conda-forge
频道”。在这个成功的设置中，只有 
conda-forge
和 
pypi
。

以下是我在 miniconda3 安装中使 R 编译正常工作所遵循的步骤。

  1. 完全删除我现有的安装：
(base) $ rm -rf ~/miniconda3
  1. 我还从 /etc/profile 和 ~/.bashrc 中删除了以下行
export PATH="~/miniconda3/bin:$PATH"

（这是必要的，因为在安装时，我已经对 conda init 说“是”）

  1. 重新安装 miniconda3（下载后和安装前确保进行 SHA256 测试以确保文件完整性 - 我的第一次下载已损坏）

  2. 使用下面的

    asd
    创建了一个新环境
    .yaml
    。我本次练习的目标是使用 
    rpy2
    和 
    pybrms
    让 R 和 Python 相互协作。

name: asd
channels:
  - conda-forge   # @merv had mentioned as best source for R related stuff
  - defaults      # only conda-forge has R-base=4.0.3 so defaults are second
  - dependencies: # this is where I added the gcc suite of libraries per @merv
  - python=3.6.11
  - libcurl
  - libv8
  - libgcc-ng  # gcc c
  - libgfortran-ng # gcc fortran
  - libgfortran4   # gcc fortran
  - libglib        # also needed for gcc (I could be wrong)
  - libstdcxx-ng   # gcc c++ / g++
  - conda
  - pip
  - wheel
  - r-base=4.0.3   # default channels only go as high as R-base=3.6.1.
  - pip:
      - rpy2==3.3.6
      - pybrms==0.0.33
  1. 当仍在 (base) $ 提示符下时，我使用
    2. 激活了新环境 
(base) $ source activate asd # this changes the prompt to (asd) $
  1. 然后我直接从 conda-forge 安装了以下 3 个 R 包 
    r-v8
    、
    r-rcpp
    和 
    r-rcpparmadillo
(asd) $ conda install -c conda-forge r-v8  # repeat for r-rcpp & r-rcpparmadillo
  1. 在 (asd) $ 提示符处，我使用 
    (asd) $ R
    启动 R 以进入 R 提示符并运行
install.packages("bayesm")  # this was a package from CRAN that was failing compilation as a source package

这是我最近三天进行的测试，以测试 conda 环境中的 R 如何访问内置 gcc 编译器而不是系统编译器

  1. 我在 R 提示符下使用 quit() 退出 R 

quit()

  1. 返回
    (asd) $
    提示以安装更多 R 软件包
(asd) $ conda install -c conda-forge boost-cpp # prerequisite for r-bh

(asd) $ conda install -c conda-forge r-bh # prerequisite for r-brms

这将安装一大堆 R 库。

作为新操作系统（Linux-Ubuntu）上的 Anaconda、R 和 Python 的新用户，这既令人沮丧，又令人受益匪浅。我希望这对另一个新用户有用。

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如果您在 Conda 环境中有 R，我强烈建议避免通过 

utils::install.packages
安装。相反，通过 Conda 安装。许多 CRAN 软件包可通过 Conda Forge 渠道获得，通常在软件包名称前添加“r-”。所以，尝试一下吧

conda install -n qwe -c conda-forge r-bayesem
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Step1：在主目录中找到x86_64-conda-linux-gnu-c++

[showteth@localhost ~] find ~ -name "x86_64-conda-linux-gnu-c++"
/home/showteth/anaconda3/envs/r351/bin/x86_64-conda-linux-gnu-c++

Step2：将 

/home/showteth/anaconda3/envs/r351/bin
添加到 
.Renviron
（在您的主目录中）

echo 'PATH=${PATH}:/home/showteth/anaconda3/envs/r351/bin' >> .Renviron

Step3：重启rstudio服务器使配置生效

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如果使用 rstudio-server/rstudio IDE 安装软件包失败，请尝试在不使用 IDE 的情况下在 R 控制台中安装 r 软件包

 mamba activate r_test
 mamba install -c conda-forge gxx_linux-64
 R
 # install package in R native console, not in rstudio/rstudio-server
 BiocManager::install("ClassDiscovery")
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这是 VS Code 中问题的[解决方案][1]，对我来说效果很好，但您可能需要将页面翻译成英文。 [1]：https://blog.csdn.net/weixin_64316191/article/details/128945014

检查Makeconf文件中的第180行错误：

sed -n '180 p' ~/miniforge3/envs/R/lib/R/etc/Makeconf

        $(CC) $(ALL_CPPFLAGS) $(ALL_CFLAGS) -c $< -o $@

less -N ~/miniforge3/envs/R/lib/R/etc/Makeconf

CC 最有可能位于 16 号线或 17 号线附近 修改一下：

vim ~/miniforge3/envs/R/lib/R/etc/Makeconf

使用绝对路径将 

CC=x86_64-conda-linux-gnu-cc
替换为 
CC=~/miniforge3/envs/R/bin/x86_64-conda-linux-gnu-cc
。

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