使用PCA在我的双色标中R-隐藏/删除矢量

Question

所以我只是希望能够清楚地看到这些点，并摆脱向量，因为我没有解释这些，这是我的代码：

FrogPCA <- prcomp(FrogData[,3:12], center=TRUE, scale=TRUE)

summary(FrogPCA)

biplot(FrogPCA, choices = c(1,2), col = c("magenta3", "slateblue3" ))

任何帮助表示赞赏！

Answer 1

怎么样（这个例子是虹膜）：

> data(iris)
> #iris
> 
> IrisPCA <- prcomp(iris[, 1:3], center = TRUE, scale = TRUE)
> table(iris$Species)

    setosa versicolor  virginica 
        50         50         50 
> 
> plot(IrisPCA$x, col = c(rep("red", 50), rep("green", 50), rep("blue", 50)))

有一个叫做plot3D的包可以在3个维度上执行相同的操作。如果它有用，我可以稍后编辑。

希望能帮助到你。

Answer 2

下面是一个如何基于biplot数据集重新生成没有未缩放轴（即红色箭头）的USAarrests输出的示例（遗憾的是，您不提供数据）。

pca <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)

plot(pca$x[, "PC1"], pca$x[, "PC2"], type = "n", xlab = "PC1", ylab = "PC2")
text(pca$x[, "PC1"], pca$x[, "PC2"], rownames(pca$x))