为 tidycmprsk 制作的累积发生函数和绘图 (ggcuminc) 添加颜色

Question

因此，使用示例数据集试验，我想创建两个竞争事件的累积发生函数，并为它们分别指定一种颜色。这个例子不太好，因为您可能不需要颜色，但在我的数据集中，两个结果具有不同的 CIF，并且着色很有用。

#Load data
data("trial", package = "tidycmprsk")

#make plot
cuminc(Surv(ttdeath, death_cr) ~ 1, trial) %>%
  ggcuminc(outcome = c("death from cancer", "death other causes")) +
  add_confidence_interval() +
  add_risktable() +
  scale_ggsurvfit()

输出

问题

如何为癌症死亡和其他原因死亡获得两种不同的颜色？ 尝试使用此指南但找不到答案。

Answer 1

由于此包使用

ggplot

，因此您可以使用

ggplot_build

修改绘图的图层并为其赋予颜色。您可以通过根据组号修改两个图层来添加这些图层，如下所示：

library(tidycmprsk)
library(ggsurvfit)
library(dplyr)
data("trial", package = "tidycmprsk")

#make plot
p <- cuminc(Surv(ttdeath, death_cr) ~ 1, trial) %>%
  ggcuminc(outcome = c("death from cancer", "death other causes")) +
  add_confidence_interval() +
  add_risktable() +
  scale_ggsurvfit() 

q <- ggplot_build(p)

q$data[[1]] <- q$data[[1]] %>%
  mutate(colour = ifelse(group == 1, "red", "blue"))
q$data[[2]] <- q$data[[2]] %>%
  mutate(colour = ifelse(group == 1, "red", "blue"),
         fill = ifelse(group == 1, "red", "blue"))

q <- ggplot_gtable(q)
plot(q)

^{创建于 2023-11-06，使用 reprex v2.0.2}