运行snakemake，但使用其他地方编写的.snakemake临时文件

Question

假设我有一个 Snakemake 工作流程，其中有

Snakefile

和各种输入文件。我想完全按原样运行此工作流程，但将

.snakemake

临时文件写入更适合写入的临时文件系统。

我尝试过

--directory

标志，但这会阻止 Snakemake 查找我的输入文件，因为它们是相对于工作目录定位的。我想使用当前工作目录来查找输入，但仅更改输出的“写入”位置。这可能吗？

例如，如果我使用

---

snakemake 教程示例

：

.
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── genome.fa.amb
│   ├── genome.fa.ann
│   ├── genome.fa.bwt
│   ├── genome.fa.fai
│   ├── genome.fa.pac
│   ├── genome.fa.sa
│   └── samples
│       ├── A.fastq
│       ├── B.fastq
│       └── C.fastq
├── results
│   └── mapped
│       └── C.bam
└── workflow
    ├── envs
    │   ├── mapping.yaml
    │   └── stats.yaml
    └── Snakefile

我在当前工作目录中添加了

.snakemake

。如果我使用

--directory ~/scratch/tmpsnake

，我会得到：

WorkflowError:
MissingInputException: Missing input files for rule map_reads:
    output: results/mapped/A.sorted.bam
    wildcards: sample=A.sorted
    affected files:
        data/genome.fa
        data/samples/A.sorted.fastq

Answer 1

.snakemake

到临时路径的符号链接。如果

.snakemake

文件夹已存在，您需要将其删除（或将其内容移动到暂存路径），然后创建符号链接。