从 bioconductor 和用于生物信息学的 ubuntu 18.04 docker 容器制作 docker 容器

Question

这是我关于 stackoverflow 的第一个问题。

我想同时使用

ubuntu:18.04

和

bioconductor/bioconductor_docker

docker 镜像来使用来自两个容器的资源为

nextflow pipeline

构建一个 docker 镜像。 我不是任何类型的软件开发人员。请帮我指出一个合适的 docker 文件，或者我应该怎么做。

我认为某种多阶段 docker 文件应该是一种方式，但不确定，任何帮助都会很棒。

Answer 1

欢迎，Vineet😄

如果你真的想合并两个 Docker 镜像，并且假设你有两个镜像的 Dockerfile，那么 multi-stage build 是可行的方法。但是，我想知道这是否真的是你应该做的......

虽然在某些情况下可能需要这样做，但最佳实践是为您的 Nextflow 流程提供小型且特定的 Docker 映像。理想情况下，每个进程都会有一个完全满足其需求的容器镜像，其方式是 (1) 从容器中心快速拉取，(2) 快速运行，(3) 快速停止/退出，以及 ( 4）出错时易于调试。如果你有一个大的/多进程的图像，你会遇到我上面提到的所有这 4 件事的问题。