如何从 AAString 对象中提取 AA 子集？

Question

我有一个如下所示的 AAString 设置，如何从 seq 列中提取区域子集。

df <- AAStringSet(c("MEKIVLLLA", "MEKIVLDIA"))

输入：

df:

AAStringSet object of length 2:
     width  seq        names  
       9    MEKIVLLLA  A1
       9    MEKIVLDIA  A2  

输出：

AAStringSet object of length 2:
     width  seq        names  
       6    MKLLLA  A1
       6    MKLDIA  A2  

            

我使用了下面的代码，但它不起作用：

positions <- c(1,3,6,7,8,9)
end_positions <- c(1,3,6,7,8,9)
subseq(df, start = positions, end = end_positions))
                                       

Answer 1

也许是一种

base

方法，

seq1 = 'MEKIVLLLA'
seq2 = 'MEKIVLDIA'

paste(unlist(strsplit(seq2, split = ''))[c(1,3,6:9)], collapse='')
[1] "MKLDIA"
paste(unlist(strsplit(seq1, split = ''))[c(1,3,6:9)], collapse='')
[1] "MKLLLA"