如何让多个用户在 snakemake 中运行相同的管道 - 元数据权限问题

Question

我有一个管道，我们希望将其存储在一个共享空间中，以便我们所有的分析师都可以访问它并使用它，而无需复制 repo / singularity 容器。问题是当一个人运行管道时，.snakemake/metadata 中的文件属于该用户。当下一个用户尝试运行管道时，会访问此元数据并导致错误。

我知道我可以在流程结束时删除元数据中的数据，但理想情况下我们希望用户能够并行运行管道（在不同的输入/输出上）。所有用户都在同一组中，但这无济于事

有什么建议吗？

Answer 1

在这里回答的一个解决方案是使用

-d

或

--directory

选项为每个用户指定自定义工作目录。这样每个用户都有自己的

.snakemake

目录。

要自动执行此操作，可以使用专用的 shell 脚本或将自动指定用户特定路径的别名：

snakemake -d ".snakemake_$(whoami)"

（对于 Windows，可以引用合适的环境变量而不是

whoami

）

在适当的情况下，使用更柔和的溶液可能会更好。具体来说，早期的方法仍然将整个工作流程暴露给每个用户，由于一个用户做出了另一个用户不知道的更改，可能会造成冲突。

为避免这种情况，最好将工作流（snakefiles）托管在中央（编辑保护）位置，但要求用户在自己的文件夹中运行代码，使用

-s

或

--snakefile

引用公共工作流位置争论。这样，中心位置的更改只有在指定用户进行更改时才会发生，因此任何需要的工作流调整都是明确进行的。