Snakemake：返回并清理temp（）文件

Question

我知道有人问过这个变体（例如https://groups.google.com/forum/#!topic/snakemake/4kslVBX2kew，但我没有确定的解决方案。

如果我使用'--notemp'运行长时间运行且复杂的Snakemake管道（可能是因为我正在调试），随后能够运行'cleanup'命令删除将自动删除的所有内容真是太好了在没有--notemp的情况下首次删除。有没有简单的方法可以做到这一点？

我现在这样做的方式是在使用'--forceall --touch'之后，不使用'--notemp'，然后重新运行，以便一切都被触摸，然后在结束。但是更改所有时间戳并不理想。有没有更好的方法？

Jon

Answer 1

自v5.0.0起，--delete-temp-output实现了此目的。

--delete-temp-output


Remove all temporary files generated by the workflow. Use together with –dry-run to list files without actually deleting anything. Note that this will not recurse into subworkflows.

Default: False