我想以 D3.js 兼容的 JSON 格式导出工作流程的 DAG:
snakemake.snakemake(snakefile=smfile,
dryrun=True,
forceall=True,
printdag=False,
printd3dag=True,
keepgoing=True,
cluster_config=cluster_config,
configfile=configfile,
targets=targetfiles)
不幸的是,它抱怨缺少输入文件。
文件丢失的事实是正确的,但我希望它无论如何都能运行,特别是在将
keepgoing
选项设置为 True
之后。
有没有办法在没有输入文件的情况下导出 DAG?
--keep-going
允许在snakemake作业失败时执行独立作业。也就是说,snakemake 必须成功开始运行作业。就你而言,它永远不会达到那个阶段。我想丢失输入文件将不允许创建 DAG。