我收到以下警告:
SyntaxWarning: invalid escape sequence '\.'
当规则中存在以下 shell 块时:
"""
curl {params.ua} -L {params.url} \
| gzip -dc \
| sd '^.*gene_id "([A-Z0-9\.]+).*"; transcript_id "([A-Z0-9\.]+)".*;.*' '$2\t$1' \
| uniq | gzip > {output}
"""
警告在另一个规则中给了我一个行号,注释掉另一个规则并不能解决警告(并且另一个规则没有“.”)。使用上述 shell 块注释掉该规则确实可以解决该警告。 shell 代码似乎按预期工作,所以也许我只需要以不同的方式格式化它,以便 Snakemake 满意并且它仍然执行我想要的操作,但到目前为止我无法弄清楚这一点。
可以指定这是一个原始字符串:
r"""
... \. ...
"""