如何在Julia中阅读gzip压缩文件？

Question

我尝试了很多库，但似乎我无法获得匹配的类型。

典型的尝试：

using SomeLib, CSV
fh = SomeLib.open("gzipped_file.gz")
CSV.read(fh) # error

例：

using CodecZlib
CSV.read(GzipDecompressorStream(open("gzipped_file.gz")))
# ERROR: MethodError: no method matching position(::TranscodingStreams.TranscodingStream{GzipDecompressor,IOStream})

Answer 1

在此期间，您可以使用CSVFiles.jl：

using CSVFiles, DataFrames, FileIO

open("yourfile.csv.gz") do io
    load(Stream(format"CSV", GzipDecompressorStream(io))) |> DataFrame
end

Answer 2

除了Bogumił的答案，您还可以执行以下操作：

using CSV
using GZip

df = GZip.open("some_file.csv.gz", "r") do io
    CSV.read(io)
end

Answer 3

更简单：

using CSVFiles, DataFrames
df = DataFrame(load(File(format"CSV", "data.csv.gz")))

Answer 4

我的新包TableReader.jl支持透明gzip，xz和zstd解压缩。因此，以下代码将按预期工作：

using TableReader

readcsv("path/to/file.csv.gz")
readcsv("path/to/file.csv.xz")
readcsv("path/to/file.csv.zst")