R：对由插入符号包构建的逻辑模型执行car :: Anova II和III型试验

Question

我正在建立如下的广义逻辑回归模型：

library(mlbench)
data(PimaIndiansDiabetes)

library(caret)
trControl <- trainControl(method = "repeatedcv",
                          repeats = 3,
                          classProbs = TRUE,
                          number = 10, 
                          savePredictions = TRUE,
                          summaryFunction = twoClassSummary)

caret_model <- train(diabetes~., 
                     data=PimaIndiansDiabetes, 
                     method="glm", 
                     trControl=trControl)

然后我要执行Anova II型和III型测试：

library(car)
car::Anova(caret_model , type=2)

我收到以下错误：

UseMethod（“ vcov”）中的错误：'vcov'没有适用的方法应用于类“ c（'train'，'train.formula'）

的对象

但是，如果我改用函数glm来构建模型，那就很好了：

glm_fit <- glm(diabetes~., data=PimaIndiansDiabetes, family=binomial)
car::Anova(glm_fit, type=2)

所以，如何在我的Anova模型上执行caret II型和III型测试？

Answer 1

对于类“ train”，没有方法方差分析，所以要做您需要做的事情：

car::Anova(caret_model$finalModel, type=2)
Analysis of Deviance Table (Type II tests)

Response: .outcome
         LR Chisq Df Pr(>Chisq)    
pregnant   15.233  1  9.505e-05 ***
glucose   114.927  1  < 2.2e-16 ***
pressure    6.548  1   0.010502 *  
triceps     0.008  1   0.928500    
insulin     1.742  1   0.186918    
mass       40.779  1  1.704e-10 ***
pedigree   10.340  1   0.001302 ** 
age         2.522  1   0.112253

类似于：

car::Anova(glm_fit, type=2)
Analysis of Deviance Table (Type II tests)

Response: diabetes
         LR Chisq Df Pr(>Chisq)    
pregnant   15.233  1  9.505e-05 ***
glucose   114.927  1  < 2.2e-16 ***
pressure    6.548  1   0.010502 *  
triceps     0.008  1   0.928500    
insulin     1.742  1   0.186918    
mass       40.779  1  1.704e-10 ***
pedigree   10.340  1   0.001302 ** 
age         2.522  1   0.112253