使用zlib读入C中的Python压缩数据

Question

我有一个C代码，可以为物理模拟编写几个数据文件。这些数据文件基本上是包含2d值映射的文本文件，范围从-1到+1。它们可能相当大（每个大约100 Mb），但由于许多值通常是相同的（+1或-1的长串），我认为压缩它们是个好主意。

编写该文件的C代码的相关部分是：

FILE *fp1;
char file1[] = "output_file.dat";
fp1 = fopen(file1,"w");
for ( i = 0; i < Nx; i++ ) {
    for ( j = 0; j < Ny; j++ ) {
        fprintf(fp1, "%.5f ", creal(phi[i*Ny+j]));
    }
    fprintf(fp1, "\n");
}
fclose(fp1);

并且正在读取该文件的Python代码的相关部分是：

import numpy as np
data = np.loadtxt("output_file.dat")

现在，我正在尝试使用zlib库添加压缩。我用以下方式更改了C代码：

# include <zlib.h>
gzFile fp1;
char file1[] = "output_file.dat";
fp1 = gzopen(file1,"w");
for ( i = 0; i < Nx; i++ ) {
    for ( j = 0; j < Ny; j++ ) {
        gzprintf(fp1, "%.5f ", creal(phi[i*Ny+j]));
    }
    gzprintf(fp1, "\n");
}
gzclose(fp1);

和Python代码：

import numpy as np
import zlib
compressed_data = open("output_file.dat", 'rb').read() 
data = zlib.decompress(compressed_data)

C代码似乎很好用。正在写入数据文件，它们小于2 Mb（考虑到内容的冗余，这是合理的）。不幸的是，Python脚本给了我一个错误：

error: Error -3 while decompressing data: incorrect header check

任何人都可以指出我如何调试它的正确方向？谢谢！

Answer 1

好的，解决方案结果非常简单。基本上，如果我使用.gz扩展名编写数据文件：

# include <zlib.h>
gzFile fp1;
char file1[] = "output_file.gz";
fp1 = gzopen(file1,"w");
for ( i = 0; i < Nx; i++ ) {
    for ( j = 0; j < Ny; j++ ) {
        gzprintf(fp1, "%.5f ", creal(phi[i*Ny+j]));
    }
    gzprintf(fp1, "\n");
}
gzclose(fp1);

然后，我可以使用loadtext函数来读取它们，它们将被numpy自动解压缩：

import numpy as np
data = np.loadtxt("output_file.gz")

或者，我仍然可以使用zlib.decompress函数，但是再传递一个参数（如this问题中所述）：

zlib.decompress(compressed_data, 15 + 32)