如何在.Hub（“AnnotationHub”，hub，cache，proxy，localHub，...）中修复错误

Question

我在R中使用REMP包来找到重复元素中的甲基化。我偶然发现了initREMP函数，它给了我错误：

remparcel <- initREMP(arrayType = "EPIC", REtype = "Alu",  ncore = 1)
Start Alu annotation data initialization ...  (0 sec.)
Illumina platform: EPIC
Error in .Hub("AnnotationHub", hub, cache, proxy, localHub, ...) : 
  Local database does not exist.
  Repeat call with 'localHub=FALSE'

我从bioconductor安装了annotationhub包并再次尝试了该功能。仍然存在错误。

Answer 1

最后我得到了答案。如果你在代理服务器后面工作，getAnnotationHub函数将无法与URL建立连接。因此我们必须使用代理设置

library(AnnotationHub) setAnnotationHubOption("PROXY","https://username:password@proxy:port")然后试试

AnnotationHub( hub=getAnnotationHubOption("URL"),
          cache=getAnnotationHubOption("CACHE"),
          proxy=getAnnotationHubOption("PROXY"),
localHub=FALSE)