我正在尝试测试管道的一部分是否产生正确的输出。
我通过向集群提交 bash 脚本来运行 Snakemake，并尝试添加： - 规则 --allowed-rules
在 for 循环内部，因此整个命令为：run_pipeline.sh 等...
我用--rule的时候说规则不能包含通配符。 当我使用 --allowed-rules 时，它说什么都不做，文件已经存在。
--allowed-rules 消息不准确，因为没有生成正确的输出文件。
我真的必须重新运行整个管道并删除所有以前的输入文件还是有更好的方法？