更好的方法是同时改变两个numpy阵列

问题描述 投票:187回答:14

我有两个不同形状的numpy数组,但长度相同(领先维度)。我想要改变它们中的每一个,使得相应的元素继续对应 - 即,相对于它们的前导索引一致地混洗它们。

此代码有效,并说明了我的目标:

def shuffle_in_unison(a, b):
    assert len(a) == len(b)
    shuffled_a = numpy.empty(a.shape, dtype=a.dtype)
    shuffled_b = numpy.empty(b.shape, dtype=b.dtype)
    permutation = numpy.random.permutation(len(a))
    for old_index, new_index in enumerate(permutation):
        shuffled_a[new_index] = a[old_index]
        shuffled_b[new_index] = b[old_index]
    return shuffled_a, shuffled_b

例如:

>>> a = numpy.asarray([[1, 1], [2, 2], [3, 3]])
>>> b = numpy.asarray([1, 2, 3])
>>> shuffle_in_unison(a, b)
(array([[2, 2],
       [1, 1],
       [3, 3]]), array([2, 1, 3]))

然而,这感觉笨重,低效和缓慢,并且它需要制作阵列的副本 - 我宁愿将它们原位洗牌,因为它们会非常大。

有没有更好的方法来解决这个问题?更快的执行速度和更低的内存使用率是我的主要目标,但优雅的代码也会很好。

我有另外一个想法是:

def shuffle_in_unison_scary(a, b):
    rng_state = numpy.random.get_state()
    numpy.random.shuffle(a)
    numpy.random.set_state(rng_state)
    numpy.random.shuffle(b)

这有点......但它有点可怕,因为我看不出它会继续工作 - 例如,它看起来不像是保证在numpy版本中存活的那种东西。

python numpy random shuffle numpy-ndarray
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你的“可怕”解决方案对我来说并不可怕。为相同长度的两个序列调用shuffle()导致对随机数生成器的相同调用次数,并且这些是随机数算法中唯一的“随机”元素。通过重置状态,您可以确保在第二次调用shuffle()时对随机数生成器的调用将给出相同的结果,因此整个算法将生成相同的排列。

如果您不喜欢这样,另一种解决方案是将数据存储在一个数组中,而不是从一开始就存储两个数组,并在此单个数组中创建两个视图,模拟您现在拥有的两个数组。您可以使用单个数组进行混洗,并将视图用于所有其他目的。

示例:假设数组ab如下所示:

a = numpy.array([[[  0.,   1.,   2.],
                  [  3.,   4.,   5.]],

                 [[  6.,   7.,   8.],
                  [  9.,  10.,  11.]],

                 [[ 12.,  13.,  14.],
                  [ 15.,  16.,  17.]]])

b = numpy.array([[ 0.,  1.],
                 [ 2.,  3.],
                 [ 4.,  5.]])

我们现在可以构造一个包含所有数据的数组:

c = numpy.c_[a.reshape(len(a), -1), b.reshape(len(b), -1)]
# array([[  0.,   1.,   2.,   3.,   4.,   5.,   0.,   1.],
#        [  6.,   7.,   8.,   9.,  10.,  11.,   2.,   3.],
#        [ 12.,  13.,  14.,  15.,  16.,  17.,   4.,   5.]])

现在我们创建模拟原始ab的视图:

a2 = c[:, :a.size//len(a)].reshape(a.shape)
b2 = c[:, a.size//len(a):].reshape(b.shape)

a2b2的数据与c共享。要同时对两个阵列进行洗牌,请使用numpy.random.shuffle(c)

在生产代码中,你当然会尽量避免创建原始的ab并立即创建ca2b2

该解决方案可以适应ab具有不同dtypes的情况。


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有一个众所周知的功能可以解决这个问题:

from sklearn.model_selection import train_test_split
X, _, Y, _ = train_test_split(X,Y, test_size=0.0)

只需将test_size设置为0将避免拆分并为您提供随机数据。虽然它通常用于分割列车和测试数据,但它确实会对它们进行改组。 来自documentation

将数组或矩阵拆分为随机序列和测试子集

包含输入验证和下一个(ShuffleSplit()。split(X,y))和应用程序的快速实用程序,用于将数据输入到单个调用中,以便在oneliner中拆分(并可选地进行子采样)数据。


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假设我们有两个数组:a和b。

a = np.array([[1,2,3],[4,5,6],[7,8,9]])
b = np.array([[9,1,1],[6,6,6],[4,2,0]]) 

我们可以通过排列第一维来获得行索引

indices = np.random.permutation(a.shape[0])
[1 2 0]

然后使用高级索引。在这里,我们使用相同的索引来同时对两个数组进行混洗。

a_shuffled = a[indices[:,np.newaxis], np.arange(a.shape[1])]
b_shuffled = b[indices[:,np.newaxis], np.arange(b.shape[1])]

这相当于

np.take(a, indices, axis=0)
[[4 5 6]
 [7 8 9]
 [1 2 3]]

np.take(b, indices, axis=0)
[[6 6 6]
 [4 2 0]
 [9 1 1]]

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如果你想避免复制数组,那么我建议你不要生成排列列表,而是遍历数组中的每个元素,然后将它随机交换到数组中的另一个位置

for old_index in len(a):
    new_index = numpy.random.randint(old_index+1)
    a[old_index], a[new_index] = a[new_index], a[old_index]
    b[old_index], b[new_index] = b[new_index], b[old_index]

这实现了Knuth-Fisher-Yates shuffle算法。


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举个例子,这就是我正在做的事情:

combo = []
for i in range(60000):
    combo.append((images[i], labels[i]))

shuffle(combo)

im = []
lab = []
for c in combo:
    im.append(c[0])
    lab.append(c[1])
images = np.asarray(im)
labels = np.asarray(lab)

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我扩展了python的random.shuffle()以获取第二个arg:

def shuffle_together(x, y):
    assert len(x) == len(y)

    for i in reversed(xrange(1, len(x))):
        # pick an element in x[:i+1] with which to exchange x[i]
        j = int(random.random() * (i+1))
        x[i], x[j] = x[j], x[i]
        y[i], y[j] = y[j], y[i]

这样我可以确定洗牌就地发生,而且功能不是太长或太复杂。


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你可以使用NumPy的array indexing

def unison_shuffled_copies(a, b):
    assert len(a) == len(b)
    p = numpy.random.permutation(len(a))
    return a[p], b[p]

这将导致创建单独的unison-shuffled数组。


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X = np.array([[1., 0.], [2., 1.], [0., 0.]])
y = np.array([0, 1, 2])
from sklearn.utils import shuffle
X, y = shuffle(X, y, random_state=0)

要了解更多信息,请参阅http://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.utils.shuffle.html


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很简单的解决方案

randomize = np.arange(len(x))
np.random.shuffle(randomize)
x = x[randomize]
y = y[randomize]

现在,两个数组x,y都以相同的方式随机洗牌


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詹姆斯在2015年写了一个有用的sklearn solution。但他添加了一个随机状态变量,这是不需要的。在下面的代码中,自动假设来自numpy的随机状态。

X = np.array([[1., 0.], [2., 1.], [0., 0.]])
y = np.array([0, 1, 2])
from sklearn.utils import shuffle
X, y = shuffle(X, y)

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仅使用NumPy就地将任意数量的阵列就地混合在一起。

import numpy as np


def shuffle_arrays(arrays, set_seed=-1):
    """Shuffles arrays in-place, in the same order, along axis=0

    Parameters:
    -----------
    arrays : List of NumPy arrays.
    set_seed : Seed value if int >= 0, else seed is random.
    """
    assert all(len(arr) == len(arrays[0]) for arr in arrays)
    seed = np.random.randint(0, 2**(32 - 1) - 1) if set_seed < 0 else set_seed

    for arr in arrays:
        rstate = np.random.RandomState(seed)
        rstate.shuffle(arr)

并且可以像这样使用

a = np.array([1, 2, 3, 4, 5])
b = np.array([10,20,30,40,50])
c = np.array([[1,10,11], [2,20,22], [3,30,33], [4,40,44], [5,50,55]])

shuffle_arrays([a, b, c])

有几点需要注意:

  • 断言确保所有输入数组沿其第一维具有相同的长度。
  • 阵列在他们的第一个维度上就地洗牌 - 没有任何回报。
  • 随机种子在int32范围内。
  • 如果需要可重复的shuffle,则可以设置种子值。

在shuffle之后,可以使用np.split分割数据或使用切片引用数据 - 具体取决于应用程序。


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你可以做一个像这样的数组:

s = np.arange(0, len(a), 1)

然后洗牌:

np.random.shuffle(s)

现在使用此s作为数组的参数。相同的混洗参数返回相同的混洗向量。

x_data = x_data[s]
x_label = x_label[s]

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from np.random import permutation
from sklearn.datasets import load_iris
iris = load_iris()
X = iris.data #numpy array
y = iris.target #numpy array

# Data is currently unshuffled; we should shuffle 
# each X[i] with its corresponding y[i]
perm = permutation(len(X))
X = X[perm]
y = y[perm]

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可以对连接列表进行就地重排的一种方法是使用种子(它可以是随机的)并使用numpy.random.shuffle来进行混洗。

# Set seed to a random number if you want the shuffling to be non-deterministic.
def shuffle(a, b, seed):
   np.random.seed(seed)
   np.random.shuffle(a)
   np.random.seed(seed)
   np.random.shuffle(b)

而已。这将以完全相同的方式洗牌a和b。这也是就地完成的,这总是一个加号。

EDIT, don't use np.random.seed() use np.random.RandomState instead

def shuffle(a, b, seed):
   rand_state = np.random.RandomState(seed)
   rand_state.shuffle(a)
   rand_state.seed(seed)
   rand_state.shuffle(b)

在调用它时只需传入任何种子来提供随机状态:

a = [1,2,3,4]
b = [11, 22, 33, 44]
shuffle(a, b, 12345)

输出:

>>> a
[1, 4, 2, 3]
>>> b
[11, 44, 22, 33]

编辑:修复了重新播种随机状态的代码

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