为什么我的 PCA 分数图上会出现额外的形状？

Question

我正在为 PCA 分数图制作脚本，但是我在每个椭圆的中心得到了未填充形状的人工制品，即使我将椭圆设置为 FALSE，也会出现这种情况。请有人帮助我理解为什么会发生这种情况以及如何解决它。

这是我的脚本；

colores <- c("red","purple","blue")
  pointss <- c(23,22,21)

pcaData <- df[, -c(1)]
pcaData <- pcaData[, apply(pcaData, 2, var) != 0]
res.pca <-  prcomp(pcaData, center = TRUE, scale. = TRUE)  # Exclude the labels and symbols
labels <- df$stage
fviz_screeplot(res.pca)


fviz_pca_ind(
  res.pca,
  axes = c(1, 2),
  label = "none",
  habillage = labels,
  addEllipses = TRUE,
  ellipse.type = "confidence",
  ellipse.level = 0.95,
  ellipse.alpha = 0.05
) +geom_point(aes(fill=labels, shape=labels), color="black", size=6) +
      scale_shape_manual(values=pointss) +
      scale_fill_manual(values=colores) +
      scale_color_manual(values=colores)

此图像但没有未填充的形状：。

Answer 1

意识到我的问题，我也在绘制质心，这样解决了。我还添加了一种更改轴以记录解释的方差的方法

`

factoextra::fviz_pca_ind(
  res.pca,
  habillage = factor(labels),
  geom = "point", 
  col.ind = labels,
  palette = colores,
  shape.ind = as.factor(labels),
  addEllipses = TRUE,
  ellipse.type = "confidence",
  ellipse.level = 0.95,
  ellipse.alpha = 0.05,
  pointsize = 2,
  position = position_jitter(2), 
  mean.point=F #get rid of centrdo
) +
labs(title = "PCA Scores Plot",
     x = paste("PC1 (", round(res.pca$sdev[1]^2 / sum(res.pca$sdev^2) * 100, 1), "%)"),
     y = paste("PC2 (", round(res.pca$sdev[2]^2 / sum(res.pca$sdev^2) * 100, 1), "%)"))

`