如果我在子文件夹中指定目标，则找不到Snakemake子工作流结果

Question

让我们看两个snakefiles，一个主文件和一个子工作流程：

./Snakefile：

subworkflow sub:
    workdir: "."
    snakemake: "subworkflow/Snakefile"

rule all:
    input: sub("subresult")

./subworkflow/Snakefile：

rule sub_all:
    output: "subresult"
    shell: "touch {output}"

这段代码效果很好。现在让我们介绍一个小改动：在主文件中用“./subresult”替换“subresult”：output: "./subresult"这仍然有效，但是如果我在子工作流程中进行相同的更改，我会得到异常：

MissingRuleException:
No rule to produce subresult

如果我在子工作流规则的输出中指定任何其他子文件夹，则抛出相同的异常：

subworkflow sub:
    workdir: "."
    snakemake: "subworkflow/Snakefile"

rule all:
    input: sub("ANY_PATH/subresult")

rule sub_all:
    output: "ANY_PATH/subresult"
    shell: "touch {output}"

我想这不是正常行为。我的代码有什么问题吗？有没有办法在子文件夹中指定子工作流程的目标？

OS: Windows + Ming W

Python 3.6.5

Snakemake 5.4.5,5.2

更新：

我尝试了@JeeYem提供的示例，甚至数据子目录也无法在我的系统上运行。经过一番调查后，我发现这是针对Windows或Windows / MinGW组合的特定于平台的问题。下面是有效的代码并显示问题（我留下原始代码进行了评论以进行比较）：

文件Snakefile：

subworkflow otherworkflow:
    workdir:
        "."
    snakefile:
        "kingmaker.Snakefile"

rule all:
    input:
        otherworkflow('data/a.txt')

子工作流文件kingmaker.Snakefile：

rule write_file:
    output:
        #'data/a.txt'
        'data\\a.txt'
    shell:
        #'touch {output}'
        'touch data/a.txt'

请注意，我甚至无法在shell部分中使用{output}变量。

我将向Snakemake存储库提交一张票。

Answer 1

根据我的测试，我的猜测是你在./或/和input的那些路径的开头使用output，这是导致问题的原因。我不确定确切的原因，但是snakemake似乎指出了问题的原因（见答案的结尾）。

在我的示例脚本中，如下所示，我可以在两个Snakefiles中使用子目录data而没有任何问题。但是，如果我使用./data（即子目录开头的./），则snakemake无法正常工作。

文件Snakefile：

subworkflow otherworkflow:
    workdir:
        "."
    snakefile:
        "kingmaker.Snakefile"

rule all:
    input:
        otherworkflow('data/a.txt')

子工作流文件kingmaker.Snakefile：

rule write_file:
    output:
        'data/a.txt'
    shell:
        'touch {output}'

实际上，如果你在输出路径的开头用snakemake -s kingmaker.Snakefile自行运行子工作流（即../），那么snakemake强烈反对使用此警告：

Relative file path './data/a.txt' starts with './'. 
This is redundant and strongly discouraged. 
It can also lead to inconsistent results of the file-matching approach used by Snakemake. 
You can simply omit the './' for relative file paths.

我在mac上使用snakemake v5.4.0。