将有风险的患者添加到调整后的 Kaplan Meier 曲线中并更改 r 中曲线的颜色

Question

我正在尝试根据名为

group

的变量调整 Kaplan Meier 曲线。 如何将有风险的患者添加到调整后的 Kaplan Meier 曲线以及如何更改曲线的颜色？

这是我查看此后获得的代码和模拟数据link

library(riskRegression); library(adjustedCurves);library(survival)
set.seed(42)
sim_dat <- sim_confounded_surv(n=500, max_t=1.2)
sim_dat$group <- as.factor(sim_dat$group)
sim_dat$cluster <- sample(1:5, size=nrow(sim_dat), replace=TRUE)

cox_mod <- coxph(Surv(time, event) ~ x1 + x2 + x4 + x5 + group + cluster,  data=sim_dat, x=TRUE)

predict_fun <- function(...) {
  1 - predictRisk(...)
}

# using direct adjustment 
adjsurv <- adjustedsurv(data=sim_dat,
                        variable="group",
                        ev_time="time",
                        event="event",
                        method="direct",
                        outcome_model=cox_mod,
                        predict_fun=predict_fun)

plot(adjsurv, custom_colors = c(  "red","blue") )

我读到

R

还有许多其他包裹，但没有报告患者面临风险。

编辑

我找到了一个相关的链接，我可以从中更改曲线的颜色（在上面的代码中添加），但我无法添加

at-risk patinets

，尽管他们建议使用

cowplot::plot_grid

。

任何建议将不胜感激。

Answer 1

你很幸运！我最近推送了软件包的更新，允许将风险表添加到图中。您需要做的就是从 github 安装开发版本（

install_github("RobinDenz1/adjustedCurves")

），您只需使用以下命令即可完成：

plot(adjsurv, custom_colors=c("red", "blue"), risk_table=TRUE)

由于您正在使用

method="direct"

，我建议保留

risk_table_stratify=FALSE

，因为否则输出可能会令人困惑（请参阅

plot.adjustedsurv()

的文档页面）。