Singularity-Container + Python + PyTorch：为什么'import torch'在Arch Linux主机上起作用，而在Centos 7主机上却失败？

Question

我正在尝试建立一个奇异容器，以便在基于CentOS 7的群集上运行Python脚本。容器在我的主机上按预期运行，我也用它来创建容器，但是在导入PyTorch后立即在群集上失败。

可以通过此最小定义文件的容器构建来重现该问题：

debug.def：

Bootstrap: arch

%runscript
    exec /usr/bin/python3 -c 'import torch; print(torch.__version__)'

%post
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Basic setup from
    # https://github.com/sylabs/singularity/blob/master/examples/arch/Singularity
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Set time zone. Use whatever you prefer instead of UTC.
    ln -s /usr/share/zoneinfo/Europe/Berlin /etc/localtime

    # Set the package mirror server(s). This is only for the output image's
    # mirrorlist. `pacstrap' can only use your hosts's package mirrors.
    echo 'Server = https://mirrors.kernel.org/archlinux/$repo/os/$arch' > /etc/pacman.d/mirrorlist

    pacman -Sy --noconfirm gawk sed grep

    # Set locale. Use whatever you prefer instead of en_US.
    echo 'en_US.UTF-8 UTF-8' > /etc/locale.gen
    locale-gen
    echo 'LANG=en_US.UTF-8' > /etc/locale.conf

    pacman -S --noconfirm python python-pytorch

    pacman -S --noconfirm pacman-contrib
    paccache -r -k0

它是用sudo singularity build debug.sif debug.def构建的。容器和主机都在Arch Linux上运行。

在我的主机上执行容器输出PyTorch版本：

schellsn@host $ singularity run debug.sif
1.3.1

在群集上运行它会导致以下错误：

schellsn@cluster tmp$ singularity run debug.sif
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python3.8/site-packages/torch/__init__.py", line 81, in <module>
    from torch._C import *
ImportError: libQt5Core.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

我不明白为什么找不到该文件，因为它应该包含在容器中：

schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> ls -l /usr/lib | grep libQt5Core
-rw-r--r--  1 root root      1166 Nov 11 23:40 libQt5Core.prl
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5 -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13 -> libQt5Core.so.5.13.2
-rwxr-xr-x  1 root root   5275240 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13.2

我假设导入时搜索中未包括相应的路径，并且由于某些环境设置正在泄漏到容器中，所以在我的主机上不会发生此问题。我也尝试使用Sylabs Remote Builder，但似乎无法构造Arch容器（在$ PATH中找不到pacstrap）。尝试在其中一个节点上构建容器会导致相同的问题。 Pacstrap和pacman不可用。

我尽全力，非常感谢您提供任何解释这种行为的提示！为什么找不到共享库，如何解决？

更新＃1：

这里是LD_LIBRARY_PATH环境变量的内容（响应@tsnowlan）。

Arch Linux主机：

schellsn@host tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64
schellsn@host tmp$ singularity shell evpt_debug.sif
Singularity evpt_debug.sif: ~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/.singularity.d/libs

CentOS 7群集节点：

schellsn@cluster tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
/.singularity.d/libs

更新＃2：

我确实设置了一个新的干净VM（也正在运行arch），该VM也在那里重新构建了容器。这个容器显示了同样的问题。它在我的主机上运行，​​但不在CentOS 7集群上运行。

Answer 1

作为解决方法，我现在从一个def文件构建容器，该文件使用带有Ubuntu 18.04映像的库引导代理而不是Arch引导代理。生成的容器在我的Arch Host和CentOS 7群集上运行。