我想使用 Chimera 可视化的 PDB 中的蛋白质结构数据来做两件事。我很乐意学习适当的工具和方法。
・将蛋白质表面的氨基酸信息映射到序列
・找出表面暴露的氨基酸的电荷，并根据其值对氨基酸分子应用颜色渐变
第二个看起来尤其可以用 Chimera 的“库仑表面着色”来完成。但我不确定在颜色下面输入什么样的值以及如何找到它，这是添加渐变所需要的。
抱歉我的英语不好......
对于第一部分，您需要选择“表面上”的定义，这可能类似于溶剂可及的表面积，然后编写一个脚本以根据该指标查找超过特定阈值的所有氨基酸。 Chimera 在“序列”窗口中突出显示选定的氨基酸，因此，如果您的脚本选择了超出阈值的所有内容，那么您就会突出显示它们。
对于第二部分，所有氨基酸要么是中性的，要么带正电，要么带负电，其中“带电”的真正意思是“当它们电离时”。根据 pH 值和当地环境，它们实际“电离”（并因此带电）的时间百分比会有所不同——尽管通常除了组氨酸（在接近生理 pH 值时电离）和半胱氨酸之外，大多数带电氨基酸在细胞内显着电离。但所有负氨基酸都带 -1 电荷，所有正氨基酸都带 +1 电荷，不存在 -2 或 +2 或更高电荷。因此，当您按照您所说的绘制“渐变”时，您正在绘制蛋白质表面给定点处的“电势”，该电势是由附近所有带电氨基酸的总效应产生的，并根据它们之间的距离进行加权库仑定律的修改形式，考虑了水的屏蔽效应（非常重要）。 将电势大小映射到颜色的数值是任意的，并且是清晰度和审美品味的问题 - 您希望将它们设置为使表面上的值映射到尽可能多的颜色范围，而不需要太多极值在两端被“剪裁”，以便捕获变化的全部范围。发现这一点只是通过反复试验。