生成随机 DNA 序列并找出 CpG 岛

Question

我正在尝试生成具有给定数量的 A、G、T 和 C 的随机 DNA 序列；在 Python 中使用随机函数。

如何在列表中打乱这些单独的字符串？

我想遍历这个列表中的 10 个序列，但我被困在这里：

随机导入 对于 finalList 中的项目：

random.sample(items, k=len(items)) #我该如何解决这个问题？

Answer 1

可以尝试使用 random 模块中的 shuffle 或 sample() 函数随机打乱 A、G、T 和 C，同时保持每个字母的数量相同（例如 AGT > GAT）。请注意，您需要加入生成的字符以创建新字符串。

import random

final_list = ['AGTCTTTGTGT', 'ACGCGTAAACG', 'AGGGTCTC']

for s in final_list :
    result = "".join(random.sample(s, k=len(s)))
    print(s, ">", result)

同样，可以通过首先将字符串转换为字符列表来使用 shuffle()。

for s in final_list :
   l = list(s)
   random.shuffle(l)
   result = ''.join(l)
   print(s, ">", result)

输出：

AGTCTTTGTGT > TGTCGGATTTT
ACGCGTAAACG > AGAGCCATCGA
AGGGTCTC > GCTGCGTA