在Ubuntu 16.04 VirtualBox上安装Rmpi

Question

我在VM VirtualBox上创建了一个新的ubuntu-16.04.2-desktop-amd64机器，我希望能够将R环境与Rmpi一起使用。

以下两种方法都给出了类似的错误。

更新了简化的预构建二进制方法：

安装Ubuntu后，我打开了一个终端并执行了以下命令：

~$ sudo apt-get update
~$ sudo apt-get install openmpi-bin
~$ sudo apt-get install r-base
~$ sudo apt-get install r-cran-rmpi
~$ R

这打开了R终端，我调用了跟随功能，导致错误：

> library(Rmpi)
libmpi.so: cannot open shared object file: No such file or directory
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rmpi', details:
call: fun(libname, pkgname)
error: Cannot start MPI_Init(). Exit
Error: package or namespace load failed for ‘Rmpi’

我尝试过的替代方法包括使用本地OpenMPI安装并使用R函数install.packages来安装Rmpi包（见下文）。这些都导致了同样的错误。

我还尝试使用MPICH代替~$ sudo apt-get install mpich作为上述过程中的第二个命令（包括使用R函数来安装软件包），这会导致更繁重的运行时错误。

有谁知道我做错了什么或我能做些什么来解决这个安装错误？

或者，有没有人能够使用任何Linux发行版或带预安装组件的图像成功安装带有Rmpi的VirtualBox机器？

原始的本地安装方法：

我按照this blog上的说明下载OpenMPI版本2.1.0，编译并安装它。但是，当我尝试在R中安装包时：

> install.packages("Rmpi", configure.args =
  c("--with-Rmpi-include=/home/jormunr/openmpi/include",
    "--with-Rmpi-libpath=/home/jormunr/openmpi/lib",
    "--with-Rmpi-type=OPENMPI",
    "--with-mpi=/home/jormunr/openmpi/"))

它给出了以下错误

Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'Rmpi', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/home/jormunr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rmpi/libs/Rmpi.so':
libmpi.so.20: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed

我可以看到'libmpi.so.20'文件位于/ home / jormunr / openmpi / lib中，我作为安装的参数之一提供。

Answer 1

[免责声明：我不是Linux专家，仅具备用户级技能。非常感谢专家的任何贡献或更正。]

预建二进制方法

虽然尝试了各种方法来安装预构建的二进制文件，但我没有设法让这个选项工作。这涉及在终端中执行命令'sudo apt-get install r-cran-rmpi'来安装r-cran-rmpi预构建的软件包，它也会自动安装libopenmpi1.10软件包，这是一个列出的先决条件。但是，似乎文件'libmpi.so'不包含在libopenmpi1.10包中，但Rmpi库会导致Rmpi库导致错误，导致它无法找到此文件。

本地安装方法

本地安装最终取得了一些修正。我使用默认设置创建了一个新的ubuntu-16.04.2-desktop-amd64 VirtualBox映像，除了2048MB的内存和32GB的硬盘空间。安装后，我打开一个终端并执行the Jovinge Lab website中的命令，其中包含了倒数第二个命令，该命令修改了运行时链接编辑器的路径，并启用了R的install.package（）函数来查找“libmpi.so”文件。 （也将版本更改为1.10.6，因为这是版本1的最新版本 - 请参阅下面的版本2）

~$ cd /home/jormunr
~$ wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/downloads/openmpi-1.10.2.tar.gz
~$ tar -zxvf openmpi-1.10.6.tar.gz
~$ cd openmpi-1.10.2
~$ ./configure --prefix=/home/jormunr
~$ make
~$ make install
~$ sudo apt-get install r-base
~$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/jormunr/lib:$LD_LIBRARY_PATH
~$ R

这打开了一个R终端，我调用了这个函数：

> install.packages("Rmpi", configure.args =
+ c("--with-Rmpi-include=/home/jormunr/include/",
+   "--with-Rmpi-libpath=/home/jormunr/lib/",
+   "--with-Rmpi-type=OPENMPI",
+   "--with-mpi=/home/jormunr/"))

这现在执行没有错误，我可以使用以下R语句测试它：

> library("Rmpi")
> mpi.spawn.Rslaves()
master (rank 0, comm. 1) of size 2 is running on: Valhalla
slave1 (rank 1, comm. 1) of size 2 is running on: Valhalla
> mpi.close.Rslaves()
[1] 1
> mpi.quit()

当我使用OpenMPI版本2.1.0尝试此过程时，安装成功完成但上述测试存在问题; mpi.spawn.Rslaves（）函数已完成，但mpi.close.Rslaves（）没有完成 - 它从未返回，终端被挂起。

Answer 2

我遇到了类似的挑战。我找到了libopenmpi-dev秘密的解决方案。

sudo apt-get install openmpi-common openmpi-bin libopenmpi-dev r-base
sudo apt-get install r-cran-rmpi
sudo su
R
install.packages("doMPI", dependencies=TRUE)