命名规则和本地规则

Question

版本7.3.8

我通常构建 config.yaml，以便可以使用以下方法自动下载公共数据集（如果不存在）：

# config.yaml
paths:
  vcf: 'path/to/vcf_{chrom}.vcf'
  ...
urls:
  vcf: 'ftp://path_to_vcf_{chrom}.vcf'
  ...

# Snakefile
for key, url in config['urls'].items():
    rule:
        name: f'download_{key}'
        output: config['paths'][key]
        params: url=url
        shell: # do download

自从添加了

name

指令后，我可以给规则赋予有意义的名称（这太棒了！）。问题是我想指定所有这些下载规则是

localrules

。我可以用

# Snakefile
localrules:
    download_vcf,
    ...

其中

download_vcf

是一个令牌，而不是一个字符串，所以我必须手动使该列表与我的配置保持最新。我想以编程方式将每个网址添加到本地规则中。我可以做类似的事情：

workflow._localrules.update(f'download_{key}' for key in config['urls'])

但我想避免使用私有变量。

还有其他推荐吗？这值得提出功能请求吗？更新 localrules 的方法还是新指令

localrule

来替换

rule

（类似于

checkpoint

）？我想得越多，就越觉得将规则标记为本地规则而不是单独的 localrules 指令更有意义。

Answer 1

从版本 7.25.0 开始添加了 localrule 指令