adonis2：具有主效应和交互项的模型的边际检验

Question

我的研究设计包含三个相互作用的因素，并且我有 16S 微生物群落数据。我正在尝试建立一个模型，在其中可以测试所有主效应（A、B、C）、双向交互作用（A：B、A：C、B：C）和三个效应的效果-way 交互 (A:B:C)，不指定因素的顺序（默认情况下）。理想情况下，我会得到与 III 型方差分析类似的输出。

使用边际检验（

by = "margin"

）是行不通的，因为当它这样写时，它只显示了交互项的重要性（没有主效应）。

下面是一个仅包含两个因素的可重现示例。

library(vegan)
data(dune)
data(dune.env)
adonis2(dune~Moisture*Manure,
        data = dune.env,
        permutations = 999,
        method = "bray",
        strata = dune.env$Management,
        by = "margin")

输出：

Permutation test for adonis under reduced model
Marginal effects of terms
Blocks:  strata 
Permutation: free
Number of permutations: 999

adonis2(formula = dune ~ Moisture * Manure, data = dune.env, permutations = 999, method = "bray", by = "margin", strata = dune.env$Management)
                Df SumOfSqs      R2      F Pr(>F)
Moisture:Manure  4   0.4678 0.10881 0.9213  0.451
Residual         8   1.0154 0.23620              
Total           19   4.2990 1.00000  

当交互被写出来时也是如此

adonis2(dune~Moisture+Manure+Moisture:Manure,
        data = dune.env,
        permutations = 999,
        method = "bray",
        strata = dune.env$Management,
        by = "margin")

输出：

Permutation test for adonis under reduced model
Marginal effects of terms
Blocks:  strata 
Permutation: free
Number of permutations: 999

adonis2(formula = dune ~ Moisture + Manure + Moisture:Manure, data = dune.env, permutations = 999, method = "bray", by = "margin", strata = dune.env$Management)
                Df SumOfSqs      R2      F Pr(>F)
Moisture:Manure  4   0.4678 0.10881 0.9213  0.424
Residual         8   1.0154 0.23620              
Total           19   4.2990 1.00000  

是否有一种合理的方法可以同时测试主要效果及其相互作用？

谢谢你

Answer 1

边际检验之所以称为边际检验，是因为它们只检验边际效应。如果有交互项，这些交互作用是边际的，但它们的组成主效应不是边际的，也没有经过测试。

adonis2

中没有“Type III”（有趣的名字）。没有人写过这些。