从文件中删除终止密码子并将其替换为NNN

Question

我想编写 Perl 代码来检查终止密码子并将其替换为

NNN

。我写的代码如下：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

# Check if the file name is provided as an argument
my $file = $ARGV[0];

open(my $fh, "<", $file) or die "Unable to open file";

my $sequence = "";
my $id = "";

while (my $line = <$fh>) {
    chomp($line);
    if ($line =~ /^>/) {
        if ($sequence ne "") {
            # Split sequence into codons
            my @codon = $sequence =~ /.{1,3}/g;
            print join(" ", @codon), "\n";
            print $id, "\n";

            # Check for stop codons and replace them with "NNN"
            foreach my $codon (@codon) {
                if ($codon =~ /^(TAG|TGA|TAA)/) {
                    $codon = "NNN";
                }
            }
        }
        $sequence = "";
        $id = $line;
    } else {
        $sequence .= $line;
    }
}

# Print last sequence
if ($sequence) {
    my @codon = $sequence =~ /.{1,3}/g;
    print join(" ", @codon), "\n";
    print $id, "\n";

}

close($fh) or die "Unable to close file";

应该从命令行获取输入，即 fasta 序列，并对其进行处理：将序列拆分为三的倍数，用

NNN

替换终止密码子。

我的输入序列如下：

>header 
ATGGACCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAA

我期待着类似的事情：

>header 
ATGGACCAGCAGCAGCAGCAGCAGNNN

它也没有处理文件中的最后一个序列，我得到的输出为：

>header
ATG GAC CAG CAG CAG CAG CAG CAG TAA

除了第一个序列的标头和最后一个标头的序列丢失。

Answer 1

替换没有发生，因为你的程序逻辑不正确。以下条件永远不会成立，因此您的替换代码不会被执行：

if ($sequence ne "")

然后，在

# Print last sequence

代码中，您不要尝试进行替换。

这是一个进行替换的独立示例：

use warnings;
use strict;

while (my $line = <DATA>) {
    chomp($line);
    if ($line =~ /^>/) {
        print "$line\n";
    } else {
        # Split sequence into codons
        my @codon = $line =~ /.{1,3}/g;

        # Check for stop codons and replace them with "NNN"
        foreach my $codon (@codon) {
            if ($codon =~ /^(TAG|TGA|TAA)/) {
                $codon = "NNN";
            }
        }
        print join(" ", @codon), "\n";
    }
}

__DATA__
>header 
ATGGACCAGCAGCAGCAGCAGCAGTAA

输出：

>header 
ATG GAC CAG CAG CAG CAG CAG CAG NNN

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