Cytoscape 与 STRING 比较一长串蛋白质

Question

我的大学项目正在进行中，我遇到了一个问题。我有一长串大约 1000 种蛋白质的列表，我想在 STRING 中分析它们，但是，我的列表太大了。我决定尝试使用 Cytoscape（并下载了 stringApp），但生成的网络仍然非常混乱。 。有没有办法通过下载任何 Cytoscape 应用程序或调整设置来改善网络的呈现？

提前致谢

Answer 1

嗯，简短的回答是“不”。稍微长一点的答案是“视情况而定”。

通常，显示毛团确实没有帮助，因此您需要稍微改进一下。您的数据来源是什么（即 1000 种蛋白质来自哪里）？您希望在网络中看到什么？如果您正在寻找特定的蛋白质组（例如复合物），您可能需要首先使用 MCL 对它们进行聚类。如果您有一些其他想要映射的数据，例如转录组或蛋白质组数据，您可以根据倍数变化或丰度值细化您的网络。

话虽如此，您可以尝试一些事情。首先，您看到的是网络的“快速”版本。尝试单击“显示图形详细信息”按钮（网络视图工具栏中的菱形）。这将为您提供完整的图形细节。其次，您可以尝试使用“布局”->“布局工具”将网络分散一点。关闭“仅选定”，然后调整比例。最后，根据您的生物学问题，您可能想要消除仅存在于细胞核或细胞质中或仅存在于肺组织中的蛋白质。这一切都可以使用 stringApp 的结果面板提供的滑块来实现。