在运行 Red Hat Enterprise Linux Server 7 的高性能计算 (HPC) 集群上的 Python 虚拟环境中安装 numpy 时出错

Question

描述：

我在运行 Red Hat Enterprise Linux Server 7 的高性能计算 (HPC) 集群上尝试在 Python 虚拟环境中安装 numpy 包时遇到问题。该集群使用 Slurm 作为工作负载管理器，并使用 Anaconda 3-5.3 .1 用于管理环境。以下是我遵循的步骤以及我面临的错误：

步骤：

已加载 Slurm 模块：

module load slurm/17.11.12

已加载 Anaconda 模块：

module load anaconda/3-5.3.1

创建了一个名为abdou_env的Python虚拟环境：

python3 -m venv abdou_env

激活虚拟环境：

source abdou_env/bin/activate

在虚拟环境（abdou_env）中，我尝试使用 pip3 install numpy 安装 numpy 包，但遇到以下错误：

Collecting numpy
  WARNING: Retrying (Retry(total=4, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'NewConnectionError('<pip._vendor.urllib3.connection.VerifiedHTTPSConnection object at 0x7fffef3c6d50>: Failed to establish a new connection: [Errno -3] Temporary failure in name resolution')': /simple/numpy/
  WARNING: Retrying (Retry(total=3, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'NewConnectionError('<pip._vendor.urllib3.connection.VerifiedHTTPSConnection object at 0x7fffef3c6d10>: Failed to establish a new connection: [Errno -3] Temporary failure in name resolution')': /simple/numpy/
  WARNING: Retrying (Retry(total=2, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'NewConnectionError('<pip._vendor.urllib3.connection.VerifiedHTTPSConnection object at 0x7fffef3c6790>: Failed to establish a new connection: [Errno -3] Temporary failure in name resolution')': /simple/numpy/
  WARNING: Retrying (Retry(total=1, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'NewConnectionError('<pip._vendor.urllib3.connection.VerifiedHTTPSConnection object at 0x7fffef3c6150>: Failed to establish a new connection: [Errno -3] Temporary failure in name resolution')': /simple/numpy/
  WARNING: Retrying (Retry(total=0, connect=None, read=None, redirect=None, status=None)) after connection broken by 'NewConnectionError('<pip._vendor.urllib3.connection.VerifiedHTTPSConnection object at 0x7fffef3c6050>: Failed to establish a new connection: [Errno -3] Temporary failure in name resolution')': /simple/numpy/
  ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement numpy (from versions: none)
ERROR: No matching distribution found for numpy

附加信息：

虚拟环境中的Python版本：3.7 虚拟环境中的pip版本：19.2.3 连接到包存储库以下载和安装 numpy 似乎存在问题。我检查了网络连接，看起来没问题。集群的模块系统和环境配置也可能在其中发挥作用。

预期解决方案：

我正在寻求有关如何排查和解决此问题的建议。我是否需要在 HPC 集群环境或 Anaconda 设置中配置某些特定内容才能使软件包安装在虚拟环境中正常工作？任何指导或建议将不胜感激。

预先感谢您的协助！

Answer 1

您是否尝试为您的 anaconda 版本使用正确版本的 numpy ？ 您可以根据您的操作系统在此处找到版本