有没有办法获取--configfile指定的配置文件名？

Question

我需要获取 Snakefile 中命令行上的 --configfile 指定的配置文件名（及其路径，如果有）。有没有办法在不扫描 sys.argv 的情况下获取它？谢谢。

Answer 1

由于@dariober 给出的以下链接的页面不再可访问，我将代码放在这里，以防有人有同样的问题。

https://bitbucket.org/snakemake/snakemake/issues/594/retrieve-value-of-configfile-parameter-in

try:
        CONFIGFILE = str(workflow.overwrite_configfiles[0])
except:
        CONFIGFILE = str(workflow.overwrite_configfile[0])

CONFIGFILE 将包含 --configfile 给出的配置文件的完整路径。