将S4对象存储在data.frame或data.table中

Question

我正在尝试将复杂的S4对象（通过Seurat包生成）放置在data.table中（我读到无法使用列表或data.frame，但是我没有找不到data.table与S4对象的兼容性），这取决于其属性与函数的一个值。这些对象都来自我在编写的函数中称为数据集的更大对象：

 subsets_by_cluster <- function(dataset){
 nclust=data.table(cluster_ID=c(rep(NA,length(unique([email protected])))))
 for (i in length(nclust)){
     nclust[i]=dataset[,[email protected]==unique([email protected])[i]] 
 }
 return(nclust)}

我原本希望得到一个data.table充满S4个对象，而一个列的行数与不同的@ active.ident的数量值（群集ID）一样多但是当我在原始数据集上运行它时，出现错误

[<-.data.frame（*tmp*中的错误，i，1，值= new（“ Seurat”，化验= list（：替换有2965行，数据有1]

我也尝试过用这种线手动完成

nclust[1]=dataset[,[email protected]==unique([email protected])[1]]

但是它也不起作用，提示错误：

类型'S4'不能强制为'逻辑'

完美地将子集存储在一个变量中]]，但是我希望我的脚本能够处理不同的簇号。我正在考虑编写要读取的文件，以便随后可以读取它们，但这似乎不是最佳解决方案。

您有建议吗？

我正在尝试将复杂的S4对象（通过Seurat软件包生成）放入data.table（我读到无法使用列表或data.frame，但是我没有发现有关...的兼容性的任何信息...

Answer 1

首先，创建一个简单的S4类（摘自Hadley Wickham的Advanced R）