Linkdatagen中的错误：在串联（。）或字符串中使用未启动的值$ chr

Question

嗨，我试图使用linkdatagen，这是一个基于perl的工具。它需要一个vcf文件（使用SAMtools的mpileup）和hapmap注释文件（提供）。我按照说明操作，但是当我使用提供的perl脚本时，我收到此错误。我使用的代码是：

samtools mpileup -d10000 -q13 -Q13 -gf hg19.fa -l annotHapMap2U.txt samplex.bam | bcftools view -cg -t0.5 - > samplex.HM.vcf

Perl vcf2linkdatagen.pl -variantCaller mpileup -annotfile annotHapMap2U.txt -pop CEU -mindepth 10 -missingness 0 samplex.HM.vcf > samplex.brlmm

Use of uninitiated value $chr in concatenation (.) or string at vcf2linkdatagentest.pl line 487, <IN> line 1 ....它一直在继续......我已经邮寄了作者，还没有收到他们的消息。有人可以帮助我吗？我究竟做错了什么？

perl脚本是：http://bioinf.wehi.edu.au/software/linkdatagen/vcf2linkdatagen.pl

HapMap文件可以从下面提到的网站下载。 http://bioinf.wehi.edu.au/software/linkdatagen/

非常感谢

Answer 1

忽略以#开头的行，vcf2linkdatagen.pl期望VCF第一行的第一个字段包含“chrsomething”形式的某些内容，并且您的文件不符合该期望。代码中的注释示例：

chr1    888659  .   T   C   226 .   DP=26;AF1=1;CI95=1,1;DP4=0,0,9,17;MQ=49;FQ=-81  GT:PL:GQ    1/1:234,78,0:99
chr1    990380  .   C   .   44.4    .   DP=13;AF1=7.924e-09;CI95=1.5,0;DP4=3,10,0,0;MQ=49;FQ=-42    PL  0

Answer 2

警告意味着字符串中使用的变量未初始化（未定义）。这表明某些事情可能是错误的。有问题的行可以追溯到这个陈述

my $chr = $1 if ($tmp[0] =~ /chr([\S]+)/);

在my语句中使用postfix if语句是不好的做法。

正如池上所说，这可能是一个解决方法

my ($chr) = $tmp[0] =~ /chr([\S])/;

但由于匹配失败，它可能会返回相同的错误。要解决的唯一方法是更多地了解此变量的用途，如果错误应该是致命的。作者没有处理这个案子，所以我们不知道。

如果您想了解有关该问题的更多信息，可以添加如下调试行：

warn "'chr' value not found in the string '$tmp[0]'" unless defined $chr;

通常，当有人向作者不期望的程序提供输入时，会发生这样的错误。因此，如果您看到哪些行发出此警告，您可能会发现该怎么做。