我有一个由 Diversity Arrays 生成的测序数据集，我一直在使用 R 中的 dartR 包进行分析。我的数据在一个 genlight 对象中，过滤后有 1920 个 SNP，23 个个体和 4 个群体。我想调查这些人群之间的混合情况，并将它们绘制成条形图。我是分析遗传数据的新手，不幸的是我有点坚持分析。
我几乎使用了 dartR 包中的函数来计算 Fst 值、网络分析等。但据我所知，它们没有进行混合分析的函数。因此，我将我的 genlight 对象转换为 geno 格式，以使用 R Bioconductor 包 LEA（Frichot，2015）中的 snmf 函数（稀疏非负矩阵分解；Frichot 等人，2014 年）来估计基因簇的数量数据集。然而，正则化参数 (alpha) 为 100 或 1000 时，结果差异很大。在函数 sNMF 的小插图中，alpha 被解释为正则化参数的值（默认情况下：10），这会惩罚中间祖先比例.因为没有选择 alpha 的特定规则，所以我想将混合系数与基于似然的方法（如 ADMIXTURE）进行比较。
但是，我在找出要使用哪个函数时遇到了一些麻烦。在线阅读，有不同的包和功能，如 Plink 和 ADMIXTOOLS。谁能推荐使用哪种方法？
我一直在尝试两者，但还没能成功。对于 Plink 功能，我下载了 Plink.exe 文件并将它们放在我的工作目录中。但是，当我尝试使用
将我的 genlight 对象转换为 vcf 格式时gl2vcf(gl5, plink_path = getwd(), outfile = "gl_vcf", outpath=getwd())
然后使用
% plink --file hapmap --recode12 --out hapmap
% admixture hapmap3.ped 3
gl2vcf() 函数给我错误 Error in system(..., intern = T) : “...” not found
尽管有这个错误，但我的工作目录文件中确实有两个新创建的文件：gl_plink_temp.map 和 gl_plink_temp.ped。但对于混合物分析，我相信我需要 *.bed、*.bim 和 *.fam 文件。
我正在尝试遵循 https://gaworkshop.readthedocs.io/en/latest/contents/07_admixture/admixture.html 并使用来自 /projects1/tools/admixture_1.3.0/admixture-manual 的有关混合物的信息。 pdf.
如果有人有任何建议在 R 中执行基于似然的方法（最好是混合）来估计 genlight 对象的混合系数并绘制结果，那将不胜感激！
提前致谢， 嘉拉