使用py4j将Log4j连接到java / python项目中的ipython notebook stderr

Question

我有一个项目，使用java，scala和Apache Spark来对基因组数据进行分布式计算。使用py4j并模仿PySpark模型，我们公开了一个调用JVM的python API。我们的目标是将这个模型带入jupyter笔记本电脑，到目前为止，它已经非常容易了，还有一个挥之不去的问题：日志记录。

The problem

我们（和Spark）使用log4j将日志消息写入日志文件和stderr。这个stderr是java进程的stderr，所以如果我从jupyter笔记本运行两个命令：

print('foo')
info('bar')  # calls log4j logger.info in JVM

我看到'foo'写入了jupyter单元格，但是'bar'被写入运行jupyter进程的终端。

My goal

将log4j连接到jupyter笔记本，以便将log4j消息写入jupyter单元而不是终端。

What I've tried

java log4j.ConsoleAppender正在写入java stderr。所以，我们需要以某种方式通过jupyter路由java stderr，对吧？这可能涉及使用System.setOut(...)与PrintStream对象连接到jupyter进程，但我还不确定如何做到这一点。

Answer 1

我们通过使用单独的套接字在Java和Python之间进行通信来解决这个问题。这是提交diff：https://github.com/hail-is/hail/commit/93d7e95a82ab39501eede7ecb301538bcd013ea8