在 Snakemake 中使用 --software-deployment-method apptainer 时如何设置 apptainer shell？

Question

对于

snakemake

v8.10.8

，如果我有以下使用容器的

Snakefile

rule hello_world_container:
    params:
        output_dir="results",
        name="standard model"
    output:
        "results/hello_world.txt"
    container:
        "docker://busybox:1.33"
    shell:
        """
        mkdir -p {params.output_dir}
        echo "Hello my Name is {params.name}" | tee {output}
        """

因此使用

--software-deployment-method apptainer

命令行选项，如何设置 Apptainer 在运行时使用的 shell 命令？ shell 默认为 Bash，但有些容器没有

bash

作为 shell，例如

busybox

。所以这个 Snakefile 的命令如下

snakemake --verbose --cores 1 --printshellcmds --software-deployment-method apptainer --snakefile Snakefile hello_world_container

立即失败

Command ' singularity  exec --home '<cwd>'  <cwd>/.snakemake/singularity/893d95b26cf7d03ff72563d5db3f40ca.simg bash -c 'set -euo pipefail;  
        mkdir -p results
        echo "Hello my Name is standard model" | tee results/hello_world.txt'' returned non-zero exit status 255.

使用现有的 shell 将

busybox

与 Apptainer 一起使用，正如预期的那样，

$ apptainer exec docker://busybox:1.33 sh -c "echo 'hello world'"
INFO:    Using cached SIF image
hello world

那么Snakemake中如何设置shell呢？

Answer 1

目前，可以使用例如设置所有规则的外壳

shell.executable("sh")

Snakefile 中第一条规则之前的某个位置。但是，对于您的情况，最好能够按规则设置 shell。从技术上来说，这相对容易实现（尽管需要修改一些尚未优化的代码）。我现在已经在这里完成了：https://github.com/snakemake/snakemake/pull/2856