snakemake：--rerun-triggers 标志和 bash 变量出现问题

Question

当我尝试提供 --rerun-triggers 标志作为 bash 变量时遇到问题。

我的命令是

snakemake $snakemake_extra -pr --snakefile Snakefile --configfile config.yaml -c 20 -n

snakemake_extra 是一个 bash 变量，定义为

snakemake_extra="--rerun-triggers {mtime,input,params}"

我收到以下错误：

snakemake：错误：参数 --rerun-triggers：无效选择：'{mtime，input，params}'（从'mtime'，'params'，'input'，'software-env'，'code'中选择）

问题似乎是snakemake(?)在

{}

之前和之后添加了单引号。

当我直接插入 --rerun-triggers 标志（没有 bash 变量）时，它工作正常。然而，我需要 bash 变量，并且也不能使用 Snakemake 配置文件 yaml。

有什么可行的解决方法吗？

我使用的是snakemake版本7.12.1。

谢谢， 卡鲁斯

Answer 1

有什么可行的解决方法吗？

https://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/050

使用数组。

snakemake_extra=( --rerun-triggers {mtime,input,params} )
... "${snakemake_extra[@]}" ...

Answer 2

当您在命令行上提供大括号而不将它们嵌入到变量中时，

Bash 会展开大括号，但否则不会（例如，请参阅 Bash 中变量的大括号展开）。 解决方法是在使用变量之前扩展它：

snakemake_extra="--rerun-triggers mtime input params"